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Structure paper

タイトルExploration of a workflow for the classification and identification of co-purified protein complexes yields new structures and multiple MSP assembly states.
ジャーナル・号・ページPLoS One, Vol. 21, Issue 1, Page e0340207, Year 2026
掲載日2026年1月27日
著者Qingyang Zhang / Abhinandan Venkatesha Murthy / Carsten Mim /
PubMed 要旨Native protein complexes have garnered interest as targets for structural dissemination. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) with its ability to image protein mixtures is the most promising tool ...Native protein complexes have garnered interest as targets for structural dissemination. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) with its ability to image protein mixtures is the most promising tool to enable structural proteomics. Additionally, image processing has evolved and can deal with conformational and compositional heterogeneity. Integrative approaches, namely mass spectrometry in conjunction with cryo-EM, have made it possible to characterize and identify complex mixtures. However, this comes at a cost of generating models and interpreting mass spectra. Here we present a modified approach that builds on publicly available software. By generating maps around 4 Å and unsupervised model building we were able to identify the most abundant proteins in our sample. This sample consisted of co-purified membrane proteins in nanodiscs. We found a novel structure and unexpected nanodisc assemblies. Our maps imply a direct interaction between membrane proteins and membrane scaffolding proteins.
リンクPLoS One / PubMed:41592050 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.72 - 3.27 Å
構造データ

52450

9hwj

EMDB-52450, PDB-9hwj:
Structure of Undecaprenyl-phosphate 4-deoxy-4-formamido-L-arabinose transferase embedded in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

52451

9hwk

EMDB-52451, PDB-9hwk:
Structure of the Cytochrome o ubiquinol oxidase embedded in the nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.72 Å

52452

9hwl

EMDB-52452, PDB-9hwl:
Structure of the co-purified multidrug transporter subunit ACRB in nandisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

化合物

ChemComp-HEO:
HEME O

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Transferase / ELECTRON TRANSPORT / oxidase / TRANSPORT PROTEIN / Multidrug transporter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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