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- EMDB-52451: Structure of the Cytochrome o ubiquinol oxidase embedded in the n... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52451
タイトルStructure of the Cytochrome o ubiquinol oxidase embedded in the nanodisc
マップデータUnsharpened map
試料
  • 複合体: Trimeric complex of ACRB transporter co-purified from E.coli in nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 2
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 3
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4
  • リガンド: HEME O
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: ZINC ION
キーワードoxidase / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome o ubiquinol oxidase complex / ubiquinol oxidase (H+-transporting) / cytochrome bo3 ubiquinol oxidase activity / aerobic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / cytochrome-c oxidase activity / proton transmembrane transporter activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration ...cytochrome o ubiquinol oxidase complex / ubiquinol oxidase (H+-transporting) / cytochrome bo3 ubiquinol oxidase activity / aerobic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / cytochrome-c oxidase activity / proton transmembrane transporter activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I / : / Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III / Cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV / Ubiquinol oxidase subunit III domain / Cytochrome C oxidase subunit IV, prokaryotes / COX aromatic rich motif / Prokaryotic Cytochrome C oxidase subunit IV / COX Aromatic Rich Motif / Cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II ...Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I / : / Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III / Cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV / Ubiquinol oxidase subunit III domain / Cytochrome C oxidase subunit IV, prokaryotes / COX aromatic rich motif / Prokaryotic Cytochrome C oxidase subunit IV / COX Aromatic Rich Motif / Cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II / Ubiquinol oxidase subunit 2, cupredoxin domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1 / Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 2 / Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 3 / Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Mim C / Zhang Q / Murthy AV
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Carl Trygger FoundationCTS 21:1630 スウェーデン
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2026
タイトル: Exploration of a workflow for the classification and identification of co-purified protein complexes yields new structures and multiple MSP assembly states.
著者: Qingyang Zhang / Abhinandan Venkatesha Murthy / Carsten Mim /
要旨: Native protein complexes have garnered interest as targets for structural dissemination. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) with its ability to image protein mixtures is the most promising tool ...Native protein complexes have garnered interest as targets for structural dissemination. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) with its ability to image protein mixtures is the most promising tool to enable structural proteomics. Additionally, image processing has evolved and can deal with conformational and compositional heterogeneity. Integrative approaches, namely mass spectrometry in conjunction with cryo-EM, have made it possible to characterize and identify complex mixtures. However, this comes at a cost of generating models and interpreting mass spectra. Here we present a modified approach that builds on publicly available software. By generating maps around 4 Å and unsupervised model building we were able to identify the most abundant proteins in our sample. This sample consisted of co-purified membrane proteins in nanodiscs. We found a novel structure and unexpected nanodisc assemblies. Our maps imply a direct interaction between membrane proteins and membrane scaffolding proteins.
履歴
登録2025年1月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月14日-
マップ公開2026年1月14日-
更新2026年2月18日-
現状2026年2月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52451.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52451.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02168
最小 - 最大-0.06260756 - 0.16117625
平均 (標準偏差)-0.00018079793 (±0.004674709)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 237.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52451_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map sharpened with DeepEMhancer

ファイルemd_52451_additional_1.map
注釈Map sharpened with DeepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52451_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52451_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Trimeric complex of ACRB transporter co-purified from E.coli in n...

全体名称: Trimeric complex of ACRB transporter co-purified from E.coli in nanodisc
要素
  • 複合体: Trimeric complex of ACRB transporter co-purified from E.coli in nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 2
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 3
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4
  • リガンド: HEME O
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Trimeric complex of ACRB transporter co-purified from E.coli in n...

超分子名称: Trimeric complex of ACRB transporter co-purified from E.coli in nanodisc
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquinol oxidase (H+-transporting)
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 74.424469 KDa
配列文字列: MFGKLSLDAV PFHEPIVMVT IAGIILGGLA LVGLITYFGK WTYLWKEWLT SVDHKRLGIM YIIVAIVMLL RGFADAIMMR SQQALASAG EAGFLPPHHY DQIFTAHGVI MIFFVAMPFV IGLMNLVVPL QIGARDVAFP FLNNLSFWFT VVGVILVNVS L GVGEFAQT ...文字列:
MFGKLSLDAV PFHEPIVMVT IAGIILGGLA LVGLITYFGK WTYLWKEWLT SVDHKRLGIM YIIVAIVMLL RGFADAIMMR SQQALASAG EAGFLPPHHY DQIFTAHGVI MIFFVAMPFV IGLMNLVVPL QIGARDVAFP FLNNLSFWFT VVGVILVNVS L GVGEFAQT GWLAYPPLSG IEYSPGVGVD YWIWSLQLSG IGTTLTGINF FVTILKMRAP GMTMFKMPVF TWASLCANVL II ASFPILT VTVALLTLDR YLGTHFFTND MGGNMMMYIN LIWAWGHPEV YILILPVFGV FSEIAATFSR KRLFGYTSLV WAT VCITVL SFIVWLHHFF TMGAGANVNA FFGITTMIIA IPTGVKIFNW LFTMYQGRIV FHSAMLWTIG FIVTFSVGGM TGVL LAVPG ADFVLHNSLF LIAHFHNVII GGVVFGCFAG MTYWWPKAFG FKLNETWGKR AFWFWIIGFF VAFMPLYALG FMGMT RRLS QQIDPQFHTM LMIAASGAVL IALGILCLVI QMYVSIRDRD QNRDLTGDPW GGRTLEWATS SPPPFYNFAV VPHVHE RDA FWEMKEKGEA YKKPDHYEEI HMPKNSGAGI VIAAFSTIFG FAMIWHIWWL AIVGFAGMII TWIVKSFDED VDYYVPV AE IEKLENQHFD EITKAGLKNG N

UniProtKB: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1

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分子 #2: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 34.947203 KDa
配列文字列: MRLRKYNKSL GWLSLFAGTV LLSGCNSALL DPKGQIGLEQ RSLILTAFGL MLIVVIPAIL MAVGFAWKYR ASNKDAKYSP NWSHSNKVE AVVWTVPILI IIFLAVLTWK TTHALEPSKP LAHDEKPITI EVVSMDWKWF FIYPEQGIAT VNEIAFPANT P VYFKVTSN ...文字列:
MRLRKYNKSL GWLSLFAGTV LLSGCNSALL DPKGQIGLEQ RSLILTAFGL MLIVVIPAIL MAVGFAWKYR ASNKDAKYSP NWSHSNKVE AVVWTVPILI IIFLAVLTWK TTHALEPSKP LAHDEKPITI EVVSMDWKWF FIYPEQGIAT VNEIAFPANT P VYFKVTSN SVMNSFFIPR LGSQIYAMAG MQTRLHLIAN EPGTYDGISA SYSGPGFSGM KFKAIATPDR AAFDQWVAKA KQ SPNTMSD MAAFEKLAAP SEYNQVEYFS NVKPDLFADV INKFMAHGKS MDMTQPEGEH SAHEGMEGMD MSHAESAH

UniProtKB: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 2

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分子 #3: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 22.642566 KDa
配列文字列: MATDTLTHAT AHAHEHGHHD AGGTKIFGFW IYLMSDCILF SILFATYAVL VNGTAGGPTG KDIFELPFVL VETFLLLFSS ITYGMAAIA MYKNNKSQVI SWLALTWLFG AGFIGMEIYE FHHLIVNGMG PDRSGFLSAF FALVGTHGLH VTSGLIWMAV L MVQIARRG ...文字列:
MATDTLTHAT AHAHEHGHHD AGGTKIFGFW IYLMSDCILF SILFATYAVL VNGTAGGPTG KDIFELPFVL VETFLLLFSS ITYGMAAIA MYKNNKSQVI SWLALTWLFG AGFIGMEIYE FHHLIVNGMG PDRSGFLSAF FALVGTHGLH VTSGLIWMAV L MVQIARRG LTSTNRTRIM CLSLFWHFLD VVWICVFTVV YLMGAM

UniProtKB: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 3

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分子 #4: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4

分子名称: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 12.037402 KDa
配列文字列:
MSHSTDHSGA SHGSVKTYMT GFILSIILTV IPFWMVMTGA ASPAVILGTI LAMAVVQVLV HLVCFLHMNT KSDEGWNMTA FVFTVLIIA ILVVGSIWIM WNLNYNMMMH

UniProtKB: Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4

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分子 #5: HEME O

分子名称: HEME O / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: HEO
分子量理論値: 838.854 Da
Chemical component information

ChemComp-HEO:
HEME O

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分子 #6: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #7: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

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分子 #8: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50mM HEPES, 150mM NaCl and 5mM EGTA
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 100% humidity, 16C.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 794072
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 160179
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2hrt


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-9hwk:
Structure of the Cytochrome o ubiquinol oxidase embedded in the nanodisc

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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