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Structure paper

タイトルMolecular basis of mRNA delivery to the bacterial ribosome.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 386, Issue 6725, Page eado8476, Year 2024
掲載日2024年11月29日
著者Michael W Webster / Adrien Chauvier / Huma Rahil / Andrea Graziadei / Kristine Charles / Nataliya Miropolskaya / Maria Takacs / Charlotte Saint-André / Juri Rappsilber / Nils G Walter / Albert Weixlbaumer /
PubMed 要旨Protein synthesis begins with the formation of a ribosome-messenger RNA (mRNA) complex. In bacteria, the small ribosomal subunit (30) is recruited to many mRNAs through base pairing with the Shine- ...Protein synthesis begins with the formation of a ribosome-messenger RNA (mRNA) complex. In bacteria, the small ribosomal subunit (30) is recruited to many mRNAs through base pairing with the Shine-Dalgarno (SD) sequence and RNA binding by ribosomal protein bS1. Translation can initiate on nascent mRNAs, and RNA polymerase (RNAP) can promote the recruitment of the pioneering 30. Here, we examined 30 recruitment to nascent mRNAs using cryo-electron microscopy, single-molecule fluorescence colocalization, and in-cell cross-linking mass spectrometry. We show that bS1 delivers the mRNA to the ribosome for SD duplex formation and 30 activation. Additionally, bS1 and RNAP stimulate translation initiation. Our work provides a mechanistic framework for how the SD duplex, ribosomal proteins, and RNAP cooperate in 30 recruitment to mRNAs and establish transcription-translation coupling.
リンクScience / PubMed:39607923
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 4.2 Å
構造データ

51517

9gr1

EMDB-51517, PDB-9gr1:
E. coli 70S-TEC complex in delivery state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

EMDB-51572: 30S mRNA delivery complex (open head) consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-51573: 30S mRNA delivery complex (open head) focused head map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-51574: 30S mRNA delivery complex (open head) focused body map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-51575: 30S mRNA delivery complex (open head) focused platform map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-51576: 30S mRNA delivery complex (consensus) consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-51577: 30S mRNA delivery complex (consensus) focused head map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-51578: 30S mRNA delivery complex (consensus) focused body map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-51579: 30S mRNA delivery complex (consensus) focused platform map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-51580: 30S mRNA delivery complex (bS1 resolved) consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-51581: 30S mRNA delivery complex (bS1 resolved) focused head map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-51582: 30S mRNA delivery complex (bS1 resolved) focused body map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-51583: 30S mRNA delivery complex (bS1 resolved) focused platform map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-51584: 30S mRNA delivery complex TEC resolved (30S only) consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-51585: 30S mRNA delivery complex TEC resolved (30S only) focused head map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-51586: 30S mRNA delivery complex TEC resolved (30S only) focused body map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-51587: 30S mRNA delivery complex (closed head) consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-51588: 30S mRNA delivery complex (closed head) focused head map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-51589: 30S mRNA delivery complex (closed head) focused body map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-51590: 30S mRNA delivery complex (closed head) focused platform map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-51591: 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 2, consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-51592: 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 2, focused head map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-51593: 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 2, focused body map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-51594: 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 2, focused platform map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-51595: 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 2, focused TEC map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-51596: 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 1, consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-51597: 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 1, focused head map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-51598: 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 1, focused body map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-51599: 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 1, focused platform map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-51600: 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 1, focused TEC map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-51601: 30S mRNA delivery complex TEC resolved (30S only) focused platform map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-51602: 30S-PIC (Pre-Initiation complex) consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-51603: 30S-PIC (Pre-Initiation complex) focused head map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-51604: 30S-PIC (Pre-Initiation complex) focused body map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

51615

9gup

EMDB-51615, PDB-9gup:
30S mRNA delivery complex (open head)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

51616

9guq

EMDB-51616, PDB-9guq:
30S PIC (Pre-Initiation complex)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

51617

9gur

EMDB-51617, PDB-9gur:
30S mRNA delivery complex TEC resolved (TEC only)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

51618

9gus

EMDB-51618, PDB-9gus:
30S mRNA delivery complex TEC resolved (30S only)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

51619

9gut

EMDB-51619, PDB-9gut:
30S mRNA delivery complex (bS1 resolved)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

51620

9guu

EMDB-51620, PDB-9guu:
30S mRNA delivery complex (consensus)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

51621

9guv

EMDB-51621, PDB-9guv:
30S mRNA delivery complex (closed-head)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

51622

9guw

EMDB-51622, PDB-9guw:
30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

51623

9gux

EMDB-51623, PDB-9gux:
30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-PHE:
PHENYLALANINE / フェニルアラニン

由来
  • escherichia coli bl21(de3) (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
キーワードGENE REGULATION / Ribosome / RNA polymerase / mRNA / Transcription / translation / coupling / Ribosome. / coupling.

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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