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タイトルStructural and functional insights into the evolution of SARS-CoV-2 KP.3.1.1 spike protein.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 44, Issue 7, Page 115941, Year 2025
掲載日2025年7月4日
著者Ziqi Feng / Jiachen Huang / Sabyasachi Baboo / Jolene K Diedrich / Sandhya Bangaru / James C Paulson / John R Yates / Meng Yuan / Ian A Wilson / Andrew B Ward /
PubMed 要旨The JN.1-sublineage KP.3.1.1 recently emerged as the globally prevalent SARS-CoV-2 variant, demonstrating increased infectivity and antibody escape. We investigate how mutations and a deletion in the ...The JN.1-sublineage KP.3.1.1 recently emerged as the globally prevalent SARS-CoV-2 variant, demonstrating increased infectivity and antibody escape. We investigate how mutations and a deletion in the KP.3.1.1 spike protein (S) affect hACE2 binding and antibody escape. Mass spectrometry confirms a new glycan site at residue N30 that alters the glycoforms at neighboring N61. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures show that the N30 glycan and rearrangement of adjacent residues do not significantly change the overall spike structure, up-down ratio of receptor-binding domains (RBDs), or hACE2 binding. Furthermore, a KP.3.1.1 S with hACE2 structure further confirms an epistatic effect between F456L and Q493E on hACE2 binding. Our analysis shows that SARS-CoV-2 variants that emerged after late 2023 are now incorporating reversions to residues found in other sarbecoviruses, including the N30 glycan, Q493E, and others. Overall, these results inform on the structural and functional consequences of the KP.3.1.1 mutations, the current SARS-CoV-2 evolutionary trajectory, and immune evasion.
リンクCell Rep / PubMed:40618371 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.64 - 3.71 Å
構造データ

48146

9ele

EMDB-48146, PDB-9ele:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron KP.3.1.1 RBD in complex with human ACE2 (local refinement of RBD and hACE2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

48147

9elf

EMDB-48147, PDB-9elf:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron KP.3.1.1 spike protein in complex with human ACE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

48148

9elg

EMDB-48148, PDB-9elg:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron KP.3.1.1 spike RBD and NTD (local refinement of RBD and NTD)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

48149

9elh

EMDB-48149, PDB-9elh:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron KP.3.1.1 spike protein (one RBD up state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

48150

9eli

EMDB-48150, PDB-9eli:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron KP.3.1.1 spike protein (closed state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å

48151

9elj

EMDB-48151, PDB-9elj:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1.11+Q493E+S31deletion spike protein (one RBD up state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.92 Å

48152

9elk

EMDB-48152, PDB-9elk:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1.11+Q493E+S31deletion spike protein (closed state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å

48153

9ell

EMDB-48153, PDB-9ell:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1.11 spike protein (one RBD up state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

48155

9elm

EMDB-48155, PDB-9elm:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1.11 spike protein (closed state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.68 Å

48156

9eln

EMDB-48156, PDB-9eln:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1.11+S31 deletion spike protein (one RBD up state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

48157

9elo

EMDB-48157, PDB-9elo:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1.11+S31 deletion spike protein (closed state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.74 Å

48158

9elp

EMDB-48158, PDB-9elp:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1.11.1+S31 deletion spike protein (one RBD up state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

48159

9elq

EMDB-48159, PDB-9elq:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1.11.1+S31 deletion spike protein (closed state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.64 Å

EMDB-49904: KP.3.1.1 spike with 2 missing RBDs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

EMDB-49905: JN.1.11+Q493E+S31deletion spike with 1 missing RBD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

EMDB-49906: JN.1.11 spike with 1 missing RBD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

EMDB-49907: JN.1.11+S31deletion spike with 1 missing RBD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-49908: JN.1.11.1+S31deletion spike with 2 missing RBDs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / COVID-19 / hACE2 / RBD / Spike

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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