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タイトルStructures of Native Doublet Microtubules from Trichomonas vaginalis Reveal Parasite-Specific Proteins.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 3996, Year 2025
掲載日2025年4月29日
著者Alexander Stevens / Saarang Kashyap / Ethan H Crofut / Shuqi E Wang / Katherine A Muratore / Patricia J Johnson / Z Hong Zhou /
PubMed 要旨Doublet microtubules (DMTs) are flagellar components required for the protist Trichomonas vaginalis (Tv) to swim through the human genitourinary tract to cause trichomoniasis, the most common non- ...Doublet microtubules (DMTs) are flagellar components required for the protist Trichomonas vaginalis (Tv) to swim through the human genitourinary tract to cause trichomoniasis, the most common non-viral sexually transmitted disease. Lack of structures of Tv's DMT (Tv-DMT) has prevented structure-guided drug design to manage Tv infection. Here, we determine the 16 nm, 32 nm, 48 nm and 96 nm-repeat structures of native Tv-DMT at resolution ranging from 3.4 to 4.4 Å by cryogenic electron microscopy (cryoEM) and built an atomic model for the entire Tv-DMT. These structures show that Tv-DMT is composed of 30 different proteins, including the α- and β-tubulin, 19 microtubule inner proteins (MIPs) and 9 microtubule outer proteins. While the A-tubule of Tv-DMT is simplistic compared to DMTs of other organisms, the B-tubule of Tv-DMT features parasite-specific proteins, such as TvFAP40 and TvFAP35. Notably, TvFAP40 and TvFAP35 form filaments near the inner and outer junctions, respectively, and interface with stabilizing MIPs. This atomic model of the Tv-DMT highlights diversity of eukaryotic motility machineries and provides a structural framework to inform rational design of therapeutics against trichomoniasis.
リンクNat Commun / PubMed:40301421 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.19 - 4.7 Å
構造データ

EMDB-46009: Doublet Microtubules from T. Vaginalis - local refine 12
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-46020: Doublet Microtubule from T. vaginalis - local refine 25
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-46021: Doublet microtubules from T. vaginalis - local refine 26
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-46023: Doublet Microtubule from T. vaginalis - local refine 27
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-46024: Doublet microtubule from T. vaginalis - local refine 28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-46026: Doublet microtubule from T. vaginalis - local refine 30
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-46028: Doublet microtubule from T. vaginalis - local refine 31
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-46029: Doublet Microtubules from T. vaginalis - local refine 32
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-46030: Doublet microtubule from T. vaginalis - local refine 33
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-46031: Doublet microtubule from T. vaginalis - local refine 24
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-46032: Doublet Microtubule from T. vaginalis - local refine 34
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-46033: Doublet Microtubule from T. vaginalis - local refine 35
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-46034: Doublet microtubules T. vaginalis local refine 20
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-46035: Doublet Microtubules T. vaginalis - local refine 21
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-46037: Doublet Microtubules from T. vaginalis - local refine 23
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-46038: Doublet microtubules from T. vaginalis - local refine 22
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

46580

9d5n

EMDB-46580, PDB-9d5n:
48-nm doublet microtubule from Trichomonas vaginalis strain G3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-46633: Doublet Microtubules from T. vaginalis - local refine FAP40
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

EMDB-46634: Doublet Microtubules from T. vaginalis - local refine OJMOP1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-46635: Doublet microtubules from T. vaginalis - 96nm NDRC local refine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-46636: doublet microtubule from T. vaginalis - 96 nm repeat
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-46642: Doublet microtubule from T. vaginalis - 16nm
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-46643: Doublet Microtubules from T. vaginalis - 48 nm
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-48446: Radial spoke head from T. vaginalis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

化合物

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • trichomonas vaginalis g3 (ちつほねまくむし)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / doublet microtubule / tubulin / flagella

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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