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タイトルCryo-EM investigation of ryanodine receptor type 3.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 8630, Year 2024
掲載日2024年10月5日
著者Yu Seby Chen / Maricela Garcia-Castañeda / Maria Charalambous / Daniela Rossi / Vincenzo Sorrentino / Filip Van Petegem /
PubMed 要旨Ryanodine Receptor isoform 3 (RyR3) is a large ion channel found in the endoplasmic reticulum membrane of many different cell types. Within the hippocampal region of the brain, it is found in ...Ryanodine Receptor isoform 3 (RyR3) is a large ion channel found in the endoplasmic reticulum membrane of many different cell types. Within the hippocampal region of the brain, it is found in dendritic spines and regulates synaptic plasticity. It controls myogenic tone in arteries and is upregulated in skeletal muscle in early development. RyR3 has a unique functional profile with a very high sensitivity to activating ligands, enabling high gain in Ca-induced Ca release. Here we solve high-resolution cryo-EM structures of RyR3 in non-activating and activating conditions, revealing structural transitions that occur during channel opening. Addition of activating ligands yields only open channels, indicating an intrinsically high open probability under these conditions. RyR3 has reduced binding affinity to the auxiliary protein FKBP12.6 due to several sequence variations in the binding interface. We map disease-associated sequence variants and binding sites for known pharmacological agents. The N-terminal region contains ligand binding sites for a putative chloride anion and ATP, both of which are targeted by sequence variants linked to epileptic encephalopathy.
リンクNat Commun / PubMed:39366997 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.58 - 3.22 Å
構造データ

EMDB-45035: Consensus map of mink RyR3 in closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-45107: Local refinement map of mink RyR3 in closed conformation using mask 1 (FKBP12.6/NTD/Nsol/SPRY/Repeat1&2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-45108: Local refinement map of mink RyR3 in closed conformation using mask 2 (Jsol/Csol/Bsol)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.71 Å

EMDB-45109: Local refinement map of mink RyR3 in closed conformation using mask 3 (Bsol/Repeat3&4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

EMDB-45110: Local refinement map of mink RyR3 in closed conformation using mask 4 (TMD/CTD)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.58 Å

EMDB-45111: Consensus map of mink RyR3 in open conformation bound to Ca2+/ATP/caffeine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

EMDB-45112: Local refinement map of mink RyR3 in open conformation bound to Ca2+/ATP/caffeine using mask 1 (FKBP12.6/NTD/Nsol/SPRY/Repeat1&2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-45113: Local refinement map of mink RyR3 in open conformation bound to Ca2+/ATP/caffeine using mask 2 (Jsol/Csol/Bsol)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

EMDB-45114: Local refinement map of mink RyR3 in open conformation bound to Ca2+/ATP/caffeine using mask 3 (Bsol/Repeat3&4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-45115: Local refinement map of mink RyR3 in open conformation bound to Ca2+/ATP/caffeine using mask 4 (TMD/CTD)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

45116

9c1e

EMDB-45116: Composite map of mink RyR3 in closed conformation
PDB-9c1e: Mink RyR3 in closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

45117

9c1f

EMDB-45117: Composite map of mink RyR3 in open conformation bound to Ca2+/ATP/caffeine
PDB-9c1f: Mink RyR3 in open conformation bound to Ca2+/ATP/caffeine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CL:
Unknown entry

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-CFF:
CAFFEINE / 薬剤*YM

由来
  • neogale vison (哺乳類)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / RyR3 / Ryanodine Receptor / calcium channel / ion channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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