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タイトルMolecular basis of influenza ribonucleoprotein complex assembly and processive RNA synthesis.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 388, Issue 6748, Page eadq7597, Year 2025
掲載日2025年5月15日
著者Ruchao Peng / Xin Xu / Binod Nepal / Yikang Gong / Fenglin Li / Max B Ferretti / Mingyang Zhou / Kristen W Lynch / George M Burslem / Sandhya Kortagere / Ronen Marmorstein / Yi-Wei Chang /
PubMed 要旨Influenza viruses replicate and transcribe their genome in the context of a conserved ribonucleoprotein (RNP) complex. By integrating cryo-electron microscopy single-particle analysis and cryo- ...Influenza viruses replicate and transcribe their genome in the context of a conserved ribonucleoprotein (RNP) complex. By integrating cryo-electron microscopy single-particle analysis and cryo-electron tomography, we define the influenza RNP as a right-handed, antiparallel double helix with the viral RNA encapsidated in the minor groove. Individual nucleoprotein subunits are connected by a flexible tail loop that inserts into a conserved pocket in its neighbor. We visualize the viral polymerase in RNP at different functional states, revealing how it accesses the RNA template while maintaining the double-helical architecture of RNP by strand sliding. Targeting the tail loop binding interface, we identify lead compounds as potential anti-influenza inhibitors. These findings elucidate the molecular determinants underpinning influenza virus replication and highlight a promising target for antiviral development.
リンクScience / PubMed:40373132 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均)
解像度5.1 - 32.0 Å
構造データ

EMDB-44980, PDB-9c4h:
Double helical structure of influenza D RNP complex
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.6 Å

EMDB-44981, PDB-9bwv:
Structure of influenza D RNP, 4xNP local resconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.1 Å

EMDB-44982: Loop end of influenza D virus RNP, class 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.3 Å

EMDB-44983: Structure of the loop end of influenza D virus RNP complex, class 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.5 Å

EMDB-44984: Structure of influenza A RNP, 4xNP local reconstruction, class 1
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.7 Å

EMDB-44986: Structure of influenza A RNP, 4xNP local reconstruction, class 2
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.7 Å

EMDB-44987, PDB-9bwz:
Structure of influenza A RNP, 4xNP local reconstruction, class 3
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.2 Å

EMDB-44989, PDB-9bx0:
Structure of influenza A RNP, 4xNP local reconstruction, class 4
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.2 Å

EMDB-44990, PDB-9bx1:
Structure of influenza A RNP, 4xNP local reconstruction, class 5
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.0 Å

EMDB-44993, PDB-9bx4:
Structure of influenza A RNP, 4xNP local reconstruction, class 6
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.2 Å

EMDB-44994: NP subunits next to the polymerase at the end of influenza D virus RNP, piece 1
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-44996: The influenza D virus polymerase at the end of RNP complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.3 Å

EMDB-44997: The nucleoprotein subunits next the polymerase in the middle of influenza D RNP, piece 1
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-44998: The influenza D virus polymerase in the middle of RNP complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-45187: Subtomogram averaging of the polymerase end of influenza RNP complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 32.0 Å

EMDB-45188: Subtomogram averaging of influenza D virus RNP during elongation
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-48532: NP subunits next to the polymerase at the end of influenza D virus RNP, piece 2
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-48533: The nucleoprotein subunits next the polymerase in the middle of influenza D RNP, piece 2
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 19.0 Å

由来
  • influenza d virus (インフルエンザウイルス)
  • influenza a virus (A型インフルエンザウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / Influenza / Ribonucleoprotein complex / nucleoprotein / VIRAL PROTEIN-RNA complex / VIRAL PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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