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タイトルThe structural diversity of psychedelic drug actions revealed.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 2734, Year 2025
掲載日2025年3月19日
著者Ryan H Gumpper / Manish K Jain / Kuglae Kim / Renhong Sun / Ning Sun / Zhongli Xu / Jeffrey F DiBerto / Brian E Krumm / Nicholas J Kapolka / H Ümit Kaniskan / David E Nichols / Jian Jin / Jonathan F Fay / Bryan L Roth /
PubMed 要旨There is currently a resurgence in exploring the utility of classical psychedelics to treat depression, addiction, anxiety disorders, cluster headaches, and many other neuropsychiatric disorders. A ...There is currently a resurgence in exploring the utility of classical psychedelics to treat depression, addiction, anxiety disorders, cluster headaches, and many other neuropsychiatric disorders. A biological target of these compounds, and a hypothesized target for their therapeutic actions, is the 5-HT serotonin receptor. Here, we present 7 cryo-EM structures covering all major compound classes of psychedelic and non-psychedelic agonists, including a β-arrestin-biased compound RS130-180. Identifying the molecular interactions between various psychedelics and the 5-HT receptor reveals both common and distinct motifs among the examined psychedelic chemotypes. These findings lead to a broader mechanistic understanding of 5-HT activation, which can catalyze the development of novel chemotypes with potential therapeutic utility and fewer side effects.
リンクNat Commun / PubMed:40108183 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.54 - 3.47 Å
構造データ

43797

9arx

EMDB-43797, PDB-9arx:
Local refinement of 5-HT2AR bound to 5-HT in complex with a mini-Gq protein and scFv16 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

43798

9ary

EMDB-43798, PDB-9ary:
Global reconstruction 5-HT2AR bound to 5-HT in complex with a mini-Gq protein and scFv16 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

43799

9arz

EMDB-43799, PDB-9arz:
Local refinement of 5-HT2AR bound to 2-bromo-LSD in complex with a mini-Gq protein and scFv16 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

43800

9as0

EMDB-43800, PDB-9as0:
Global reconstruction of 5-HT2AR bound to 2-bromo-LSD in complex with a mini-Gq protein and scFv16 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

43801

9as1

EMDB-43801, PDB-9as1:
Local refinement of 5-HT2AR bound to DMT in complex with a mini-Gq protein and scFv16 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

43802

9as2

EMDB-43802, PDB-9as2:
Global reconstruction of 5-HT2AR bound to DMT in complex with a mini-Gq protein and scFv16 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

43803

9as3

EMDB-43803, PDB-9as3:
Local refinement of 5-HT2AR bound to LSD in complex with a mini-Gq protein and scFv16 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

43804

9as4

EMDB-43804, PDB-9as4:
Global reconstruction of 5-HT2AR bound to LSD in complex with a mini-Gq protein and scFv16 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

43805

9as5

EMDB-43805, PDB-9as5:
Local refinement of 5-HT2AR bound to Mescaline in complex with a mini-Gq protein and scFv16 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

43806

9as6

EMDB-43806, PDB-9as6:
Global reconstruction of 5-HT2AR bound to mescaline in complex with a mini-Gq protein and scFv16 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

43807

9as7

EMDB-43807, PDB-9as7:
Local refinement of 5-HT2AR bound to psilocin in complex with a mini-Gq and scFv16 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.72 Å

43808

9as8

EMDB-43808, PDB-9as8:
Global reconstruction of 5-HT2AR bound to psilocin in complex with a mini-Gq protein and scFv16 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.54 Å

43809

9as9

EMDB-43809, PDB-9as9:
Local refinement of 5-HT2AR bound to RS130-180 in complex with a mini-Gq protein and scFv16 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

43810

9asa

EMDB-43810, PDB-9asa:
Global reconstruction of 5-HT2AR bound to RS130-180 in complex with a mini-Gq protein and scFv16 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

化合物

ChemComp-SRO:
SEROTONIN / セロトニン / 神経伝達物質*YM

PDB-1afu:
STRUCTURE OF RIBONUCLEASE A AT 2.0 ANGSTROMS FROM MONOCLINIC CRYSTALS

PDB-1afv:
HIV-1 CAPSID PROTEIN (P24) COMPLEX WITH FAB25.3

ChemComp-7LD:
(8alpha)-N,N-diethyl-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide / LSD

PDB-1afw:
THE 1.8 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF THE DIMERIC PEROXISOMAL THIOLASE OF SACCHAROMYCES CEREVISIAE

ChemComp-91Q:
3-[2-(dimethylamino)ethyl]-1~{H}-indol-4-ol / プシロシン / alkaloid*YM

PDB-1afx:
UGAA EUKARYOTIC RIBOSOMAL RNA TETRALOOP, NMR, 13 STRUCTURES

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / G-protein Coupled Receptor / 5-HT2AR / serotonin / psychedelics

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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