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タイトルVaccine design via antigen reorientation.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Vol. 20, Issue 8, Page 1012-1021, Year 2024
掲載日2024年1月15日
著者Duo Xu / Joshua J Carter / Chunfeng Li / Ashley Utz / Payton A B Weidenbacher / Shaogeng Tang / Mrinmoy Sanyal / Bali Pulendran / Christopher O Barnes / Peter S Kim /
PubMed 要旨A major challenge in creating universal influenza vaccines is to focus immune responses away from the immunodominant, variable head region of hemagglutinin (HA-head) and toward the evolutionarily ...A major challenge in creating universal influenza vaccines is to focus immune responses away from the immunodominant, variable head region of hemagglutinin (HA-head) and toward the evolutionarily conserved stem region (HA-stem). Here we introduce an approach to control antigen orientation via site-specific insertion of aspartate residues that facilitates antigen binding to alum. We demonstrate the generalizability of this approach with antigens from Ebola, severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and influenza viruses and observe enhanced neutralizing antibody responses in all cases. We then reorient an H2 HA in an 'upside-down' configuration to increase the exposure and immunogenicity of HA-stem. The reoriented H2 HA (reoH2HA) on alum induced stem-directed antibodies that cross-react with both group 1 and group 2 influenza A subtypes. Electron microscopy polyclonal epitope mapping (EMPEM) revealed that reoH2HA (group 1) elicits cross-reactive antibodies targeting group 2 HA-stems. Our results highlight antigen reorientation as a generalizable approach for designing epitope-focused vaccines.
リンクNat Chem Biol / PubMed:38225471 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度15.1 - 24.7 Å
構造データ

EMDB-42044: H2HA A/Japan/305/1957 complexed with mouse polyclonal Fab - wk 12, reoriented immunogen
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.7 Å

EMDB-42045: H2HA A/Japan/305/1957 complexed with mouse polyclonal Fab - wk 12, control immunogen
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.45 Å

EMDB-42046: H7N9 A/Shanghai/2/2013 complexed with mouse polyclonal Fab - wk 12, control immunogen
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.5 Å

EMDB-42048: H3N2 A/Victoria/3/1975 complexed with mouse polyclonal Fab - wk 7, control immunogen
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.6 Å

EMDB-42052: H3N2 A/Victoria/3/1975 complexed with mouse polyclonal Fab - wk 7, reoH2HA immunogen
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.4 Å

EMDB-42056: H7N9 A/Shanghai/2/2013 complexed with mouse polyclonal Fab - wk 7, reoriented immunogen
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.5 Å

EMDB-42058: H7N9 A/Shanghai/2/2013 complexed with mouse polyclonal Fab - wk 7, control immunogen
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.1 Å

EMDB-42059: H7N9 A/Shanghai/2/2013 complexed with mouse polyclonal Fab - wk 7, reoriented immunogen
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.1 Å

由来
  • Influenza A virus (A/Japan/305/1957(H2N2)) (A型インフルエンザウイルス)
  • Mus musculus (ハツカネズミ)
  • H7N9 subtype (ウイルス)
  • Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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