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タイトルStructural basis for the H2AK119ub1-specific DNMT3A-nucleosome interaction.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 6217, Year 2024
掲載日2024年7月23日
著者Xinyi Chen / Yiran Guo / Ting Zhao / Jiuwei Lu / Jian Fang / Yinsheng Wang / Gang Greg Wang / Jikui Song /
PubMed 要旨Isoform 1 of DNA methyltransferase DNMT3A (DNMT3A1) specifically recognizes nucleosome monoubiquitylated at histone H2A lysine-119 (H2AK119ub1) for establishment of DNA methylation. Mis-regulation of ...Isoform 1 of DNA methyltransferase DNMT3A (DNMT3A1) specifically recognizes nucleosome monoubiquitylated at histone H2A lysine-119 (H2AK119ub1) for establishment of DNA methylation. Mis-regulation of this process may cause aberrant DNA methylation and pathogenesis. However, the molecular basis underlying DNMT3A1-nucleosome interaction remains elusive. Here we report the cryo-EM structure of DNMT3A1's ubiquitin-dependent recruitment (UDR) fragment complexed with H2AK119ub1-modified nucleosome. DNMT3A1 UDR occupies an extensive nucleosome surface, involving the H2A-H2B acidic patch, a surface groove formed by H2A and H3, nucleosomal DNA, and H2AK119ub1. The DNMT3A1 UDR's interaction with H2AK119ub1 affects the functionality of DNMT3A1 in cells in a context-dependent manner. Our structural and biochemical analysis also reveals competition between DNMT3A1 and JARID2, a cofactor of polycomb repression complex 2 (PRC2), for nucleosome binding, suggesting the interplay between different epigenetic pathways. Together, this study reports a molecular basis for H2AK119ub1-dependent DNMT3A1-nucleosome association, with important implications in DNMT3A1-mediated DNA methylation in development.
リンクNat Commun / PubMed:39043678 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.23 - 5.4 Å
構造データ

EMDB-41920: Cryo-EM structure of human DNMT3A UDR bound to H2AK119ub1-modified nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

EMDB-41921: Cryo-EM structure of human DNMT3A UDR bound to H2AK119ub1-modified nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

41922

8u5h

EMDB-41922, PDB-8u5h:
Cryo-EM structure of human DNMT3A UDR bound to H2AK119ub1-modified nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/TRANSFERASE/DNA / DNA cytosine methyltransferase / STRUCTURAL PROTEIN-TRANSFERASE-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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