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Structure paper

タイトルStructural basis of the human transcriptional Mediator regulated by its dissociable kinase module.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 84, Issue 20, Page 3932-3949.e10, Year 2024
掲載日2024年10月17日
著者Ti-Chun Chao / Shin-Fu Chen / Hee Jong Kim / Hui-Chi Tang / Hsiang-Ching Tseng / An Xu / Leon Palao / Subash Khadka / Tao Li / Mo-Fan Huang / Dung-Fang Lee / Kenji Murakami / Thomas G Boyer / Kuang-Lei Tsai /
PubMed 要旨The eukaryotic transcriptional Mediator comprises a large core (cMED) and a dissociable CDK8 kinase module (CKM). cMED recruits RNA polymerase II (RNA Pol II) and promotes pre-initiation complex ...The eukaryotic transcriptional Mediator comprises a large core (cMED) and a dissociable CDK8 kinase module (CKM). cMED recruits RNA polymerase II (RNA Pol II) and promotes pre-initiation complex formation in a manner repressed by the CKM through mechanisms presently unknown. Herein, we report cryoelectron microscopy structures of the complete human Mediator and its CKM. The CKM binds to multiple regions on cMED through both MED12 and MED13, including a large intrinsically disordered region (IDR) in the latter. MED12 and MED13 together anchor the CKM to the cMED hook, positioning CDK8 downstream and proximal to the transcription start site. Notably, the MED13 IDR obstructs the recruitment of RNA Pol II/MED26 onto cMED by direct occlusion of their respective binding sites, leading to functional repression of cMED-dependent transcription. Combined with biochemical and functional analyses, these structures provide a conserved mechanistic framework to explain the basis for CKM-mediated repression of cMED function.
リンクMol Cell / PubMed:39321804 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 8.2 Å
構造データ

41499

8tq2

EMDB-41499, PDB-8tq2:
Structure of the kinase lobe of human CDK8 kinase module
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

41502

8tqc

EMDB-41502, PDB-8tqc:
Structure of the human CDK8 kinase module
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-41507: The Middle-IDR of the human transcriptional Mediator complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-41509: The CKM-Hook of the human transcriptional Mediator complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-41511: The Head-IDR of the human transcriptional Mediator complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-41512: The Head-IDRc of the human core Mediator complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-41513: The Middle-IDRc of the human core Mediator complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

41565

8tqw

EMDB-41565, PDB-8tqw:
Structure of human transcriptional Mediator complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.2 Å

41580

8trh

EMDB-41580, PDB-8trh:
The IDRc bound human core Mediator complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSCRIPTION / Mediator / CDK8 / MED12 / CKM. / MED13 / Mediator.

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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