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タイトルNative flagellar MS ring is formed by 34 subunits with 23-fold and 11-fold subsymmetries.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 4223, Year 2021
掲載日2021年7月9日
著者Akihiro Kawamoto / Tomoko Miyata / Fumiaki Makino / Miki Kinoshita / Tohru Minamino / Katsumi Imada / Takayuki Kato / Keiichi Namba /
PubMed 要旨The bacterial flagellar MS ring is a transmembrane complex acting as the core of the flagellar motor and template for flagellar assembly. The C ring attached to the MS ring is involved in torque ...The bacterial flagellar MS ring is a transmembrane complex acting as the core of the flagellar motor and template for flagellar assembly. The C ring attached to the MS ring is involved in torque generation and rotation switch, and a large symmetry mismatch between these two rings has been a long puzzle, especially with respect to their role in motor function. Here, using cryoEM structural analysis of the flagellar basal body and the MS ring formed by full-length FliF from Salmonella enterica, we show that the native MS ring is formed by 34 FliF subunits with no symmetry variation. Symmetry analysis of the C ring shows a variation with a peak at 34-fold, suggesting flexibility in C ring assembly. Finally, our data also indicate that FliF subunits assume two different conformations, contributing differentially to the inner and middle parts of the M ring and thus resulting in 23- and 11-fold subsymmetries in the inner and middle M ring, respectively. The internal core of the M ring, formed by 23 subunits, forms a hole of the right size to accommodate the protein export gate.
リンクNat Commun / PubMed:34244518 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 11.6 Å
構造データ

EMDB-30360:
34-fold symmetry salmonella MS ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.5 Å

EMDB-30361:
11 fold-syymetry of salmonella MS ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.9 Å

EMDB-30363:
Without imposing symmetry of salmonella MS ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.6 Å

30612

7d84

EMDB-30612, PDB-7d84:
34-fold symmetry Salmonella S ring formed by full-length FliF
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-30613:
Structure of the bacterial flagellar basal body
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.8 Å

EMDB-30940:
Salmonella flagella MS-ring protein FliF 1-503 having C33 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-30941:
Salmonella flagella MS-ring protein FliF 1-456 having C35 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.59 Å

EMDB-30942:
Salmonella flagella MS-ring protein FliF 1-456 having C34 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.46 Å

由来
  • Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
  • Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
  • salmonella enterica serovar typhimurium (サルモネラ菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Flagellar motor / Type III protein export system / Transmembrane protein Complex / Torque generation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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