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タイトルHIV-1 Env trimers asymmetrically engage CD4 receptors in membranes.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 623, Issue 7989, Page 1026-1033, Year 2023
掲載日2023年11月22日
著者Wenwei Li / Zhuan Qin / Elizabeth Nand / Michael W Grunst / Jonathan R Grover / Julian W Bess / Jeffrey D Lifson / Michael B Zwick / Hemant D Tagare / Pradeep D Uchil / Walther Mothes /
PubMed 要旨Human immunodeficiency virus 1 (HIV-1) infection is initiated by binding of the viral envelope glycoprotein (Env) to the cell-surface receptor CD4. Although high-resolution structures of Env in a ...Human immunodeficiency virus 1 (HIV-1) infection is initiated by binding of the viral envelope glycoprotein (Env) to the cell-surface receptor CD4. Although high-resolution structures of Env in a complex with the soluble domains of CD4 have been determined, the binding process is less understood in native membranes. Here we used cryo-electron tomography to monitor Env-CD4 interactions at the membrane-membrane interfaces formed between HIV-1 and CD4-presenting virus-like particles. Env-CD4 complexes organized into clusters and rings, bringing the opposing membranes closer together. Env-CD4 clustering was dependent on capsid maturation. Subtomogram averaging and classification revealed that Env bound to one, two and finally three CD4 molecules, after which Env adopted an open state. Our data indicate that asymmetric HIV-1 Env trimers bound to one and two CD4 molecules are detectable intermediates during virus binding to host cell membranes, which probably has consequences for antibody-mediated immune responses and vaccine immunogen design.
リンクNature / PubMed:37993716 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度9.0 - 20.0 Å
構造データ

EMDB-29292: HIV-1 envelope trimer bound to one CD4 molecule on membranes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-29293: HIV-1 envelope trimer bound to two CD4 molecules on membranes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-29294: HIV-1 envelope trimer bound to three CD4 molecules on membranes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-29295: Consensus structure of HIV-1 envelope trimer bound to CD4 receptors on membranes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.0 Å

EMDB-41045: Unliganded HIV-1 Env on virion
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.0 Å

由来
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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