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タイトルCharacterization of the SARS-CoV-2 S Protein: Biophysical, Biochemical, Structural, and Antigenic Analysis.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2020
掲載日2020年6月17日
著者Natalia G Herrera / Nicholas C Morano / Alev Celikgil / George I Georgiev / Ryan J Malonis / James H Lee / Karen Tong / Olivia Vergnolle / Aldo B Massimi / Laura Y Yen / Alex J Noble / Mykhailo Kopylov / Jeffrey B Bonanno / Sarah C Garrett-Thomson / David B Hayes / Robert H Bortz / Ariel S Wirchnianski / Catalina Florez / Ethan Laudermilch / Denise Haslwanter / J Maximilian Fels / M Eugenia Dieterle / Rohit K Jangra / Jason Barnhill / Amanda Mengotto / Duncan Kimmel / Johanna P Daily / Liise-Anne Pirofski / Kartik Chandran / Michael Brenowitz / Scott J Garforth / Edward T Eng / Jonathan R Lai / Steven C Almo /
PubMed 要旨Coronavirus disease 2019 ( ) is a global health crisis caused by the novel severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 ( ), and there is a critical need to produce large quantities of high- ...Coronavirus disease 2019 ( ) is a global health crisis caused by the novel severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 ( ), and there is a critical need to produce large quantities of high-quality SARS-CoV-2 Spike ( ) protein for use in both clinical and basic science settings. To address this need, we have evaluated the expression and purification of two previously reported S protein constructs in Expi293F and ExpiCHO-S cells, two different cell lines selected for increased expression of secreted glycoproteins. We show that ExpiCHO-S cells produce enhanced yields of both SARS-CoV-2 S proteins. Biochemical, biophysical, and structural ( ) characterization of the SARS-CoV-2 S proteins produced in both cell lines demonstrate that the reported purification strategy yields high quality S protein (non-aggregated, uniform material with appropriate biochemical and biophysical properties). Importantly, we show that multiple preparations of these two recombinant S proteins from either cell line exhibit identical behavior in two different serology assays. We also evaluate the specificity of S protein-mediated host cell binding by examining interactions with proposed binding partners in the human secretome. In addition, the antigenicity of these proteins is demonstrated by standard ELISAs, and in a flexible protein microarray format. Collectively, we establish an array of metrics for ensuring the production of high-quality S protein to support clinical, biological, biochemical, structural and mechanistic studies to combat the global pandemic caused by SARS-CoV-2.
リンクbioRxiv / PubMed:32587972 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.22 Å
構造データ

22078

6x6p

EMDB-22078, PDB-6x6p:
Characterization of the SARS-CoV-2 S Protein: Biophysical, Biochemical, Structural, and Antigenic Analysis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / SARS-CoV (SARSコロナウイルス) / spike glycoprotein (スパイクタンパク質) / fusion protein (融合タンパク質) / trimer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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