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タイトルMolecular mechanism of a triazole-containing inhibitor of DNA gyrase.
ジャーナル・号・ページiScience, Vol. 27, Issue 10, Page 110967, Year 2024
掲載日2024年10月18日
著者Antoine Gedeon / Emilie Yab / Aurelia Dinut / Elodie Sadowski / Estelle Capton / Aurore Dreneau / Julienne Petit / Bruna Gioia / Catherine Piveteau / Kamel Djaout / Estelle Lecat / Anne Marie Wehenkel / Francesca Gubellini / Ariel Mechaly / Pedro M Alzari / Benoît Deprez / Alain Baulard / Alexandra Aubry / Nicolas Willand / Stéphanie Petrella /
PubMed 要旨Antimicrobial resistance remains a persistent and pressing public health concern. Here, we describe the synthesis of original triazole-containing inhibitors targeting the DNA gyrase, a well-validated ...Antimicrobial resistance remains a persistent and pressing public health concern. Here, we describe the synthesis of original triazole-containing inhibitors targeting the DNA gyrase, a well-validated drug target for developing new antibiotics. Our compounds demonstrate potent antibacterial activity against various pathogenic bacteria, with notable potency against (). Moreover, one hit, compound , named BDM71403, was shown to be more potent in than the NBTI of reference, gepotidacin. Mechanistic enzymology assays reveal a competitive interaction of BDM71403 with fluoroquinolones within the gyrase cleavage core. High-resolution cryo-electron microscopy structural analysis provides detailed insights into the ternary complex formed by the gyrase, double-stranded DNA, and either BDM71403 or gepotidacin, providing a rational framework to understand the superior efficacy on . This study highlights the potential of triazole-based scaffolds as promising gyrase inhibitors, offering new avenues for drug development in the fight against antimicrobial resistance.
リンクiScience / PubMed:39429773 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.2 Å
構造データ

19777

8s7k

EMDB-19777, PDB-8s7k:
M. tuberculosis gyrase holocomplex with 150 bp DNA and gepotidacin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

19782

8s7o

EMDB-19782, PDB-8s7o:
M. tuberculosis gyrase holocomplex with 150 bp DNA and BDM71403
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-JHN:
(3~{R})-3-[[4-(3,4-dihydro-2~{H}-pyrano[2,3-c]pyridin-6-ylmethylamino)piperidin-1-yl]methyl]-1,4,7-triazatricyclo[6.3.1.0^{4,12}]dodeca-6,8(12),9-triene-5,11-dione / 薬剤, 抗生剤, 阻害剤*YM

PDB-1h5q:
Mannitol dehydrogenase from Agaricus bisporus

由来
  • mycobacterium tuberculosis (結核菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Mycobacterium tuberculosis / DNA gyrase / Novel Bacterial Topoisomerase II Inhibitors / antibiotic resistance / structure-activity relation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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