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タイトルT cell toxicity induced by tigecycline binding to the mitochondrial ribosome.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 4080, Year 2025
掲載日2025年5月1日
著者Qiuya Shao / Anas Khawaja / Minh Duc Nguyen / Vivek Singh / Jingdian Zhang / Yong Liu / Joel Nordin / Monika Adori / C Axel Innis / Xaquin Castro Dopico / Joanna Rorbach /
PubMed 要旨Tetracyclines are essential bacterial protein synthesis inhibitors under continual development to combat antibiotic resistance yet suffer from unwanted side effects. Mitoribosomes - responsible for ...Tetracyclines are essential bacterial protein synthesis inhibitors under continual development to combat antibiotic resistance yet suffer from unwanted side effects. Mitoribosomes - responsible for generating oxidative phosphorylation (OXPHOS) subunits - share structural similarities with bacterial machinery and may suffer from cross-reactivity. Since lymphocytes rely upon OXPHOS upregulation to establish immunity, we set out to assess the impact of ribosome-targeting antibiotics on human T cells. We find tigecycline, a third-generation tetracycline, to be the most cytotoxic compound tested. In vitro, 5-10 μM tigecycline inhibits mitochondrial but not cytosolic translation, mitochondrial complex I, III and IV expression, and curtails the activation and expansion of unique T cell subsets. By cryo-EM, we find tigecycline to occupy three sites on T cell mitoribosomes. In addition to the conserved A-site found in bacteria, tigecycline also attaches to the peptidyl transferase center of the large subunit. Furthermore, a third, distinct binding site on the large subunit, aligns with helices analogous to those in bacteria, albeit lacking methylation in humans. The data provide a mechanism to explain part of the anti-inflammatory effects of these drugs and inform antibiotic design.
リンクNat Commun / PubMed:40312422 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.2 - 2.9 Å
構造データ

19460

8rri

EMDB-19460, PDB-8rri:
Human mitochondrial ribosome in complex with antibiotic tigecycline
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-19490: Human mitoribosome Class P-tRNA, mtSSU head (local filter) with tigecycline
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-19491: Human mitoribosome Class P-tRNA, mtLSU body (local filter) with tigecycline bound to mtLSU site-1 and 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-19493: Human mitochondrial ribosome in complex with antibiotic tigecycline, Class P-tRNA consensus.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-19526: Human mitochondrial ribosome in complex with antibiotic tigecycline, Class A-tRNA P-tRNA consensus.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-19539: Human mitochondrial ribosome in complex with antibiotic tigecycline, Class A-tRNA P-tRNA mtSSU head (local-filter).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-19542: Human mitochondrial ribosome in complex with antibiotic tigecycline, Class A-tRNA P-tRNA mtLSU body (local-filter).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-19544: Human mitochondrial ribosome in complex with antibiotic tigecycline, Class empty consensus (local-filter)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-19545: Human mitochondrial ribosome in complex with antibiotic tigecycline, Class empty mtSSU head (local-filter)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-19546: Human mitochondrial ribosome in complex with antibiotic tigecycline, Class empty mtLSU body (local-filter)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

化合物

ChemComp-VAL:
VALINE / バリン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-T1C:
TIGECYCLINE / 薬剤, 抗生剤*YM

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRIBOSOME / antibiotics; immunometabolism; mitochondrial ribosomes; tetracyclines; T cells.

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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