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タイトルStructures of the Foamy virus fusion protein reveal an unexpected link with the F protein of paramyxo- and pneumoviruses.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 41, Page eado7035, Year 2024
掲載日2024年10月11日
著者Ignacio Fernández / François Bontems / Delphine Brun / Youna Coquin / Casper A Goverde / Bruno E Correia / Antoine Gessain / Florence Buseyne / Felix A Rey / Marija Backovic /
PubMed 要旨Foamy viruses (FVs) constitute a subfamily of retroviruses. Their envelope (Env) glycoprotein drives the merger of viral and cellular membranes during entry into cells. The only available structures ...Foamy viruses (FVs) constitute a subfamily of retroviruses. Their envelope (Env) glycoprotein drives the merger of viral and cellular membranes during entry into cells. The only available structures of retroviral Envs are those from human and simian immunodeficiency viruses from the subfamily of orthoretroviruses, which are only distantly related to the FVs. We report the cryo-electron microscopy structures of the FV Env ectodomain in the pre- and post-fusion states, which unexpectedly demonstrate structural similarity with the fusion protein (F) of paramyxo- and pneumoviruses, implying an evolutionary link between the viral fusogens. We describe the structural features that are unique to the FV Env and propose a mechanistic model for its conformational change, highlighting how the interplay of its structural elements could drive membrane fusion and viral entry. The structural knowledge on the FV Env now provides a framework for functional investigations, which can benefit the design of FV Env variants with improved features for use as gene therapy vectors.
リンクSci Adv / PubMed:39392890 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 4.2 Å
構造データ

19347

8rm0

EMDB-19347, PDB-8rm0:
Cryo-EM structure of a Foamy Virus fusion glycoprotein stabilized in the prefusion conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

19348

8rm1

EMDB-19348, PDB-8rm1:
Cryo-EM structure of a Foamy Virus fusion glycoprotein in the postfusion conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-50529: Cryo-EM map of a Gorilla Foamy Virus fusion glycoprotein in the postfusion conformation (C1 symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-50530: Cryo-EM map of a Gorilla Foamy Virus fusion glycoprotein stabilized in the prefusion conformation (C1 symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • Spumavirus (ウイルス)
  • simian foamy virus (サルフォーミーウイルス)
キーワードVIRUS / Envelope / Fusion / Spumavirus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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