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- EMDB-19348: Cryo-EM structure of a Foamy Virus fusion glycoprotein in the pos... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19348
タイトルCryo-EM structure of a Foamy Virus fusion glycoprotein in the postfusion conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: Gorilla Foamy Virus Envelope glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp130
  • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp130
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードEnvelope / Fusion / Spumavirus / VIRUS
機能・相同性Foamy virus envelope protein / Foamy virus envelope protein / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral envelope / virion membrane / membrane / Envelope glycoprotein gp130
機能・相同性情報
生物種Spumavirus (ウイルス) / Simian foamy virus (サルフォーミーウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Fernandez I / Backovic M
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR-LBX-62 IBEID フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structures of the Foamy virus fusion protein reveal an unexpected link with the F protein of paramyxo- and pneumoviruses.
著者: Ignacio Fernández / François Bontems / Delphine Brun / Youna Coquin / Casper A Goverde / Bruno E Correia / Antoine Gessain / Florence Buseyne / Felix A Rey / Marija Backovic /
要旨: Foamy viruses (FVs) constitute a subfamily of retroviruses. Their envelope (Env) glycoprotein drives the merger of viral and cellular membranes during entry into cells. The only available structures ...Foamy viruses (FVs) constitute a subfamily of retroviruses. Their envelope (Env) glycoprotein drives the merger of viral and cellular membranes during entry into cells. The only available structures of retroviral Envs are those from human and simian immunodeficiency viruses from the subfamily of orthoretroviruses, which are only distantly related to the FVs. We report the cryo-electron microscopy structures of the FV Env ectodomain in the pre- and post-fusion states, which unexpectedly demonstrate structural similarity with the fusion protein (F) of paramyxo- and pneumoviruses, implying an evolutionary link between the viral fusogens. We describe the structural features that are unique to the FV Env and propose a mechanistic model for its conformational change, highlighting how the interplay of its structural elements could drive membrane fusion and viral entry. The structural knowledge on the FV Env now provides a framework for functional investigations, which can benefit the design of FV Env variants with improved features for use as gene therapy vectors.
履歴
登録2024年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月23日-
マップ公開2024年10月23日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19348.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19348.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 352 pix.
= 302.72 Å		0.86 Å/pix.
x 352 pix.
= 302.72 Å		0.86 Å/pix.
x 352 pix.
= 302.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00603
最小 - 最大-0.057551213 - 0.101282805
平均 (標準偏差)0.000046144127 (±0.0025398359)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 302.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19348_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19348_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Gorilla Foamy Virus Envelope glycoprotein

全体名称: Gorilla Foamy Virus Envelope glycoprotein
要素
  • 複合体: Gorilla Foamy Virus Envelope glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp130
  • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp130
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Gorilla Foamy Virus Envelope glycoprotein

超分子名称: Gorilla Foamy Virus Envelope glycoprotein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Spumavirus (ウイルス)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp130

分子名称: Envelope glycoprotein gp130 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian foamy virus (サルフォーミーウイルス)
分子量理論値: 52.050996 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: ALRAQHPVPK YVEVNMTSIP QGVFYQPHPE PIIHTERVLG LSQVLMINSE NVANSANLSQ ETKALLTEMV NEEMQGLSDV MIDFEIPLG DPRDQEQYIH RKCYQEFAHC YLVKYKTPQP WPNEGLIADQ CPLPGLADVS FYPYQAIWDY YAKIENIRPA N WTSSKLYG ...文字列:
ALRAQHPVPK YVEVNMTSIP QGVFYQPHPE PIIHTERVLG LSQVLMINSE NVANSANLSQ ETKALLTEMV NEEMQGLSDV MIDFEIPLG DPRDQEQYIH RKCYQEFAHC YLVKYKTPQP WPNEGLIADQ CPLPGLADVS FYPYQAIWDY YAKIENIRPA N WTSSKLYG KARMGSYYIP KRLRNINNTH ILFCSDVLYS KWYNLQNSIL QNENELTKRL SNLTIGNKLK NRALPYEWAK GG LNRLFRN ISVLDVCSRP EMVLLLNKTY YTFSLWEGDC NITRYNVNET VPECKDFPHR RFNDHPYSCR LWRYREGKEE VKC LTSDHT RCLYYPEYSN PEALFDFGFL SYMRNFPGPQ CIESTSIRQQ DYEVYSIYQE CKLASKTYGI DSVLFSLKNF LNYT GKPVN EMPNARAFVG LIDPKFPPTY PNITRDQYQG CNINQRRKR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp130

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp130

分子名称: Envelope glycoprotein gp130 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian foamy virus (サルフォーミーウイルス)
分子量理論値: 42.067801 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: EVNNNYSKLR SMGYALTGAV QTLAQISDIN DQNLQQGIYL LRDHIVTLME ATLHDISIME GMFAVQHVHT HLNHLRTMLM ERRIDWTYM SSSWLQTQLQ KSDDEMKVIK RTARSLVYYV KQTYNSLTAT AWEIGLYYEL IIPRHIYLNN WQIVNIGHLI K SAGQLTHV ...文字列:
EVNNNYSKLR SMGYALTGAV QTLAQISDIN DQNLQQGIYL LRDHIVTLME ATLHDISIME GMFAVQHVHT HLNHLRTMLM ERRIDWTYM SSSWLQTQLQ KSDDEMKVIK RTARSLVYYV KQTYNSLTAT AWEIGLYYEL IIPRHIYLNN WQIVNIGHLI K SAGQLTHV TLSHPYEIIN RECSNTLYLH LEECRRLDYV ICDVVKIVQP CGNSSDSSDC PVWAEPVKEP HVQISPLKNG SY LVLASST DCQIPPYVPS VVTVNETTQC FGVTFKKPLV AEEKTSLEPQ LPHLQLRLPH LVGIIAKIKG IKIEVTSSGE SIK DQLERA KAELLRLDIH EDDDDKAGWS HPQFEKGGGS GGGSGGGSWS HPQFEK

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp130

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: ab-initio generated model
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98407
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細PDB ID
source_name: Other, initial_model_type: otherPhenix map to model tool followed by manual building
source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8aez

得られたモデル

PDB-8rm1:
Cryo-EM structure of a Foamy Virus fusion glycoprotein in the postfusion conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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