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タイトルInfluence of lipid bilayer on the structure of the muscle-type nicotinic acetylcholine receptor.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 121, Issue 19, Page e2319913121, Year 2024
掲載日2024年5月7日
著者Nigel Unwin /
PubMed 要旨The muscle-type nicotinic acetylcholine receptor is a transmitter-gated ion channel residing in the plasma membrane of electrocytes and striated muscle cells. It is present predominantly at synaptic ...The muscle-type nicotinic acetylcholine receptor is a transmitter-gated ion channel residing in the plasma membrane of electrocytes and striated muscle cells. It is present predominantly at synaptic junctions, where it effects rapid depolarization of the postsynaptic membrane in response to acetylcholine released into the synaptic cleft. Previously, cryo-EM of intact membrane from revealed that the lipid bilayer surrounding the junctional receptor has a uniquely asymmetric and ordered structure, due to a high concentration of cholesterol. It is now shown that this special lipid environment influences the transmembrane (TM) folding of the protein. All five submembrane MX helices of the membrane-intact junctional receptor align parallel to the surface of the cholesterol-ordered lipids in the inner leaflet of the bilayer; also, the TM helices in the outer leaflet are splayed apart. However in the structure obtained from the same protein after extraction and incorporation in nanodiscs, the MX helices do not align to a planar surface, and the TM helices arrange compactly in the outer leaflet. Realignment of the MX helices of the nanodisc-solved structure to a planar surface converts their adjoining TM helices into an obligatory splayed configuration, characteristic of the junctional receptor. Thus, the form of the receptor sustained by the special lipid environment of the synaptic junction is the one that mediates fast synaptic transmission; whereas, the nanodisc-embedded protein may be like the extrajunctional form, existing in a disordered lipid environment.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:38683987 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (らせん対称)
解像度4.7 - 9.4 Å
構造データ

EMDB-18596, PDB-8qqm:
nicotinic acetylcholine receptor in intact synaptic membrane
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-18785: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.5 Å

EMDB-18802: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.6 Å

EMDB-18804: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.0 Å

EMDB-18805: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 9.0 Å

EMDB-18816: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine recptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.8 Å

EMDB-18817: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.8 Å

EMDB-18823: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 9.3 Å

EMDB-18824: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.7 Å

EMDB-18831: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.5 Å

EMDB-18832: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.6 Å

EMDB-18835: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 9.0 Å

EMDB-18836: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.9 Å

EMDB-18837: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.6 Å

EMDB-18838: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.7 Å

EMDB-18840: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.3 Å

EMDB-18843: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.9 Å

EMDB-18844: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.4 Å

EMDB-18845: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.8 Å

EMDB-18846: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.9 Å

EMDB-18847: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.5 Å

EMDB-18849: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.2 Å

EMDB-18850: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.7 Å

EMDB-18853: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.9 Å

EMDB-18854: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 9.1 Å

EMDB-18855: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 9.4 Å

EMDB-18856: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.7 Å

EMDB-18857: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.5 Å

EMDB-18858: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.6 Å

EMDB-18862: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.8 Å

EMDB-18863: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 9.1 Å

EMDB-18865: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.5 Å

EMDB-18867: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.2 Å

EMDB-18869: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 9.0 Å

EMDB-18870: Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 9.1 Å

由来
  • Torpedo marmorata (エイ)
  • tetronarce californica (ゴマフシビレエイ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Ion channel (イオンチャネル)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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