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タイトルStructure of a thylakoid-anchored contractile injection system in multicellular cyanobacteria.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 7, Issue 3, Page 386-396, Year 2022
掲載日2022年2月14日
著者Gregor L Weiss / Fabian Eisenstein / Ann-Katrin Kieninger / Jingwei Xu / Hannah A Minas / Milena Gerber / Miki Feldmüller / Iris Maldener / Karl Forchhammer / Martin Pilhofer /
PubMed 要旨Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by phage tail-like structures, using two distinct modes of action: extracellular CISs are released into the medium, while type 6 ...Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by phage tail-like structures, using two distinct modes of action: extracellular CISs are released into the medium, while type 6 secretion systems (T6SSs) are attached to the cytoplasmic membrane and function upon cell-cell contact. Here, we characterized a CIS in the multicellular cyanobacterium Anabaena, with features distinct from extracellular CISs and T6SSs. Cryo-electron tomography of focused ion beam-milled cells revealed that CISs were anchored in thylakoid membrane stacks, facing the cell periphery. Single particle cryo-electron microscopy showed that this unique in situ localization was mediated by extensions of tail fibre and baseplate components. On stress, cyanobacteria induced the formation of ghost cells, presenting thylakoid-anchored CISs to the environment. Functional assays suggest that these CISs may mediate ghost cell formation and/or interactions of ghost cells with other organisms. Collectively, these data provide a framework for understanding the evolutionary re-engineering of CISs and potential roles of these CISs in cyanobacterial programmed cell death.
リンクNat Microbiol / PubMed:35165386 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均)
解像度2.8 - 50.0 Å
構造データ

EMDB-12029, PDB-7b5h:
Cryo-EM structure of the contractile injection system base plate from Anabaena PCC7120
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-12030:
Cryo-EM structure of the contractile injection system base plate from Anabaena PCC7120 (C6)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-12031:
Cryo-EM structure of the contractile injection system base plate connector from Anabaena PCC7120
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-12032:
Cryo-EM structure of the contractile injection system crown trimer from Anabaena PCC7120
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-12033:
Cryo-EM structure of the contractile injection system base plate in contracted form from Anabaena PCC7120
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-12034, PDB-7b5i:
Cryo-EM structure of the contractile injection system cap complex from Anabaena PCC7120
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-13770:
Cryo-electron tomogram of cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-13771:
Cryo-electron tomogram of cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120, cell periphery
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-13772:
Cryo-electron tomogram of cryo-FIB milled Anabaena PCC 7120 ghost cell
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-13773:
Subtomogram average of baseplate region of contractile injection systems in Anabaena PCC 7120 in extended state
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 29.1 Å

EMDB-13774:
Subtomogram average of baseplate region of contractile injection systems in Anabaena PCC 7120 ghost cells in extended state
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 37.2 Å

EMDB-13775:
Subtomogram average of baseplate region of contractile injection systems in Anabaena PCC 7120 ghost cells in contracted state
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 50.0 Å

由来
  • Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
  • nostoc sp. (strain pcc 7120 / sag 25.82 / utex 2576) (バクテリア)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / contractile tail / injection system / macromolecular machine / contractile protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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