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タイトルVirion structure and genome release mechanism of dicistrovirus Kashmir bee virus.
ジャーナル・号・ページJ Virol, Vol. 95, Issue 11, Year 2021
掲載日2021年3月3日
著者Liya Mukhamedova / Tibor Füzik / Jiří Nováček / Dominik Hrebík / Antonín Přidal / Gerardo A Marti / Diego M A Guérin / Pavel Plevka /
PubMed 要旨Infections of Kashmir bee virus (KBV) are lethal for honeybees and have been associated with colony collapse disorder. KBV and closely related viruses contribute to the ongoing decline in the number ...Infections of Kashmir bee virus (KBV) are lethal for honeybees and have been associated with colony collapse disorder. KBV and closely related viruses contribute to the ongoing decline in the number of honeybee colonies in North America, Europe, Australia, and other parts of the world. Despite the economic and ecological impact of KBV, its structure and infection process remain unknown. Here we present the structure of the virion of KBV determined to a resolution of 2.8 Å. We show that the exposure of KBV to acidic pH induces a reduction in inter-pentamer contacts within capsids and the reorganization of its RNA genome from a uniform distribution to regions of high and low density. Capsids of KBV crack into pieces at acidic pH, resulting in the formation of open particles lacking pentamers of capsid proteins. The large openings of capsids enable the rapid release of genomes and thus limit the probability of their degradation by RNases. The opening of capsids may be a shared mechanism for the genome release of viruses from the family The western honeybee () is indispensable for maintaining agricultural productivity as well as the abundance and diversity of wild flowering plants. However, bees suffer from environmental pollution, parasites, and pathogens, including viruses. Outbreaks of virus infections cause the deaths of individual honeybees as well as collapses of whole colonies. Kashmir bee virus has been associated with colony collapse disorder in the US, and no cure of the disease is currently available. Here we report the structure of an infectious particle of Kashmir bee virus and show how its protein capsid opens to release the genome. Our structural characterization of the infection process determined that therapeutic compounds stabilizing contacts between pentamers of capsid proteins could prevent the genome release of the virus.
リンクJ Virol / PubMed:33658338 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 21.0 Å
構造データ

12137

7bc3

EMDB-12137, PDB-7bc3:
Native virion of Kashmir bee virus at acidic pH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

12154

7be9

EMDB-12154, PDB-7be9:
Kashmir bee virus empty particle at acidic pH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-12155:
KBV empty particle missing pentamer at acidic pH (C1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-12167:
KBV empty particle missing pentamer at acidic pH C5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.0 Å

EMDB-12168:
KBV empty particle with bulging pentamer at acidic pH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

12173

7bg8

EMDB-12173, PDB-7bg8:
KBV activated particle at acidic pH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

12182

7bgk

EMDB-12182, PDB-7bgk:
Native virion of Kashmir bee virus at neutral pH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

由来
  • kashmir bee virus (腐蛆病)
  • Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
キーワードVIRUS (ウイルス) / Viruses (ウイルス) / Riboviria (リボウィリア) / Orthornavirae (オルソルナウイルス界) / Pisuviricota / Pisoniviricetes / Picornavirales (ピコルナウイルス目) / Dicistroviridae / Aparavirus / Kashmir Bee Virus (腐蛆病)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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