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タイトルDual Functions of a Rubisco Activase in Metabolic Repair and Recruitment to Carboxysomes.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 183, Issue 2, Page 457-473.e20, Year 2020
掲載日2020年10月15日
著者Mirkko Flecken / Huping Wang / Leonhard Popilka / F Ulrich Hartl / Andreas Bracher / Manajit Hayer-Hartl /
PubMed 要旨Rubisco, the key enzyme of CO fixation in photosynthesis, is prone to inactivation by inhibitory sugar phosphates. Inhibited Rubisco undergoes conformational repair by the hexameric AAA+ chaperone ...Rubisco, the key enzyme of CO fixation in photosynthesis, is prone to inactivation by inhibitory sugar phosphates. Inhibited Rubisco undergoes conformational repair by the hexameric AAA+ chaperone Rubisco activase (Rca) in a process that is not well understood. Here, we performed a structural and mechanistic analysis of cyanobacterial Rca, a close homolog of plant Rca. In the Rca:Rubisco complex, Rca is positioned over the Rubisco catalytic site under repair and pulls the N-terminal tail of the large Rubisco subunit (RbcL) into the hexamer pore. Simultaneous displacement of the C terminus of the adjacent RbcL opens the catalytic site for inhibitor release. An alternative interaction of Rca with Rubisco is mediated by C-terminal domains that resemble the small Rubisco subunit. These domains, together with the N-terminal AAA+ hexamer, ensure that Rca is packaged with Rubisco into carboxysomes. The cyanobacterial Rca is a dual-purpose protein with functions in Rubisco repair and carboxysome organization.
リンクCell / PubMed:32979320
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.38 - 8.2 Å
構造データ

11028

6z1f

EMDB-11028, PDB-6z1f:
CryoEM structure of Rubisco Activase with its substrate Rubisco from Nostoc sp. (strain PCC7120)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

11029

6z1g

EMDB-11029, PDB-6z1g:
CryoEM structure of the interaction between Rubisco Activase small-subunit-like (SSUL) domain with Rubisco from Nostoc sp. (strain PCC7120)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.2 Å

EMDB-11575:
CryoEM Local map of Rubisco Activase from the complex with its substrate Rubisco from Nostoc sp. (strain PCC7120)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

PDB-6has:
Crystal Structure of the small subunit-like domain of Rubisco activase from Nostoc sp. (strain PCC 7120)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.38 Å

PDB-6z1d:
Crystal structure of the AAA domain of Rubisco Activase from Nostoc sp. (strain PCC 7120), Gadolinium complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.705 Å

PDB-6z1e:
Crystal structure of the AAA domain of Rubisco Activase from Nostoc sp. (strain PCC 7120)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.454 Å

化合物

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-GD:
GADOLINIUM ATOM / ガドリニウムヒドリド

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-CAP:
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸

由来
  • nostoc sp. pcc 7120 = fachb-418 (バクテリア)
  • nostoc sp. (strain pcc 7120 / sag 25.82 / utex 2576) (バクテリア)
キーワードCHAPERONE / alpha-beta structure / Rubisco / AAA+ domain / AAA+ / beta barrel / PHOTOSYNTHESIS

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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