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タイトルStructure of the dimeric ATP synthase from bovine mitochondria.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 117, Issue 38, Page 23519-23526, Year 2020
掲載日2020年9月22日
著者Tobias E Spikes / Martin G Montgomery / John E Walker /
PubMed 要旨The structure of the dimeric ATP synthase from bovine mitochondria determined in three rotational states by electron cryo-microscopy provides evidence that the proton uptake from the mitochondrial ...The structure of the dimeric ATP synthase from bovine mitochondria determined in three rotational states by electron cryo-microscopy provides evidence that the proton uptake from the mitochondrial matrix via the proton inlet half channel proceeds via a Grotthus mechanism, and a similar mechanism may operate in the exit half channel. The structure has given information about the architecture and mechanical constitution and properties of the peripheral stalk, part of the membrane extrinsic region of the stator, and how the action of the peripheral stalk damps the side-to-side rocking motions that occur in the enzyme complex during the catalytic cycle. It also describes wedge structures in the membrane domains of each monomer, where the skeleton of each wedge is provided by three α-helices in the membrane domains of the b-subunit to which the supernumerary subunits e, f, and g and the membrane domain of subunit A6L are bound. Protein voids in the wedge are filled by three specifically bound cardiolipin molecules and two other phospholipids. The external surfaces of the wedges link the monomeric complexes together into the dimeric structures and provide a pivot to allow the monomer-monomer interfaces to change during catalysis and to accommodate other changes not related directly to catalysis in the monomer-monomer interface that occur in mitochondrial cristae. The structure of the bovine dimer also demonstrates that the structures of dimeric ATP synthases in a tetrameric porcine enzyme have been seriously misinterpreted in the membrane domains.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:32900941 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.23 - 6.2 Å
構造データ

EMDB-11001, PDB-6yy0:
bovine ATP synthase F1-peripheral stalk domain, state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

EMDB-11039, PDB-6z1r:
bovine ATP synthase F1-peripheral stalk domain, state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

EMDB-11040, PDB-6z1u:
bovine ATP synthase F1c8-peripheral stalk domain, state 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

EMDB-11149, PDB-6zbb:
bovine ATP synthase Fo domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.61 Å

EMDB-11195, PDB-6zg7:
bovine ATP synthase rotor domain, state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

EMDB-11196, PDB-6zg8:
bovine ATP synthase rotor domain state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

EMDB-11227, PDB-6zik:
bovine ATP synthase rotor domain, state 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.66 Å

EMDB-11228, PDB-6ziq:
bovine ATP synthase stator domain, state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.33 Å

EMDB-11229, PDB-6zit:
bovine ATP synthase Stator domain, state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

EMDB-11230, PDB-6ziu:
bovine ATP synthase stator domain, state 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.02 Å

EMDB-11342, PDB-6zpo:
bovine ATP synthase monomer state 1 (combined)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-11368, PDB-6zqm:
bovine ATP synthase monomer state 2 (combined)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

EMDB-11369, PDB-6zqn:
bovine ATP synthase monomer state 3 (combined)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

PDB-6zmr:
Porcine ATP synthase Fo domain
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 3.94 Å

PDB-6zna:
Porcine ATP synthase Fo domain
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 6.2 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-HOH:
WATER /

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM / Cardiolipin

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

由来
  • bos taurus (ウシ)
  • cattle (ウシ)
  • Bovine (ウシ)
  • synthetic construct (人工物)
  • sus scrofa (ブタ)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ATP synthase (ATP合成酵素) / mitochondria (ミトコンドリア) / mammalian (哺乳類) / complex / SYNTHASE / mitochondrion (ミトコンドリア) / porcine (ブタ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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