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タイトルPost-correlation on-lamella cryo-CLEM reveals the membrane architecture of lamellar bodies.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 4, Issue 1, Page 137, Year 2021
掲載日2021年1月29日
著者Steffen Klein / Benedikt H Wimmer / Sophie L Winter / Androniki Kolovou / Vibor Laketa / Petr Chlanda /
PubMed 要旨Lamellar bodies (LBs) are surfactant-rich organelles in alveolar cells. LBs disassemble into a lipid-protein network that reduces surface tension and facilitates gas exchange in the alveolar cavity. ...Lamellar bodies (LBs) are surfactant-rich organelles in alveolar cells. LBs disassemble into a lipid-protein network that reduces surface tension and facilitates gas exchange in the alveolar cavity. Current knowledge of LB architecture is predominantly based on electron microscopy studies using disruptive sample preparation methods. We established and validated a post-correlation on-lamella cryo-correlative light and electron microscopy approach for cryo-FIB milled cells to structurally characterize and validate the identity of LBs in their unperturbed state. Using deconvolution and 3D image registration, we were able to identify fluorescently labeled membrane structures analyzed by cryo-electron tomography. In situ cryo-electron tomography of A549 cells as well as primary Human Small Airway Epithelial Cells revealed that LBs are composed of membrane sheets frequently attached to the limiting membrane through "T"-junctions. We report a so far undescribed outer membrane dome protein complex (OMDP) on the limiting membrane of LBs. Our data suggest that LB biogenesis is driven by parallel membrane sheet import and by the curvature of the limiting membrane to maximize lipid storage capacity.
リンクCommun Biol / PubMed:33514845 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均)
解像度40.2 Å
構造データ

EMDB-10818:
Tomogram of Lamellar body in A549 cell expressing ABCA3-eGFP
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-10819:
Tomogram of Lamellar body in A549 cell
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-10820:
Tomogram of lamellar body (A549 cell expressing ABCA3-eGFP)
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-11929:
In situ cryo-ET of HSAEpC primary lung cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-11931:
Subtomogram average of outer membrane dome protein (OMDP)-C8 symmetrized
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 40.2 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • A549 cell

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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