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万見
- EMDB-11931: Subtomogram average of outer membrane dome protein (OMDP)-C8 symm... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11931
タイトルSubtomogram average of outer membrane dome protein (OMDP)-C8 symmetrized
マップデータSTA of Outer membrane protein complexed-C8 symmetrized
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Subtomogram average of outer membrane dome protein (OMDP)-C8 symmetrized
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.2 Å
データ登録者Klein S / Wimmer B / Winter S / Kolovou A / Laketa V / Chlanda P
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB1129 P19 ドイツ
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Post-correlation on-lamella cryo-CLEM reveals the membrane architecture of lamellar bodies.
著者: Steffen Klein / Benedikt H Wimmer / Sophie L Winter / Androniki Kolovou / Vibor Laketa / Petr Chlanda /
要旨: Lamellar bodies (LBs) are surfactant-rich organelles in alveolar cells. LBs disassemble into a lipid-protein network that reduces surface tension and facilitates gas exchange in the alveolar cavity. ...Lamellar bodies (LBs) are surfactant-rich organelles in alveolar cells. LBs disassemble into a lipid-protein network that reduces surface tension and facilitates gas exchange in the alveolar cavity. Current knowledge of LB architecture is predominantly based on electron microscopy studies using disruptive sample preparation methods. We established and validated a post-correlation on-lamella cryo-correlative light and electron microscopy approach for cryo-FIB milled cells to structurally characterize and validate the identity of LBs in their unperturbed state. Using deconvolution and 3D image registration, we were able to identify fluorescently labeled membrane structures analyzed by cryo-electron tomography. In situ cryo-electron tomography of A549 cells as well as primary Human Small Airway Epithelial Cells revealed that LBs are composed of membrane sheets frequently attached to the limiting membrane through "T"-junctions. We report a so far undescribed outer membrane dome protein complex (OMDP) on the limiting membrane of LBs. Our data suggest that LB biogenesis is driven by parallel membrane sheet import and by the curvature of the limiting membrane to maximize lipid storage capacity.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Post-correlation on-lamella cryo-CLEM reveals the membrane architecture of lamellar bodies
著者: Klein S / Wimmer BH / Winter SL / Kolovou A / Lakota V / Chlanda P
履歴
登録2020年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月18日-
マップ公開2020年11月18日-
更新2021年2月10日-
現状2021年2月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.712
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.712
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11931.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11931.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈STA of Outer membrane protein complexed-C8 symmetrized
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.3 Å/pix.
x 100 pix.
= 430.2 Å		4.3 Å/pix.
x 100 pix.
= 430.2 Å		4.3 Å/pix.
x 100 pix.
= 430.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.302 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.712 / ムービー #1: 0.712
最小 - 最大-3.4081357 - 3.035075
平均 (標準偏差)-0.5341212 (±0.91052055)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 430.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.3024.3024.302
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z430.200430.200430.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-3.4083.035-0.534

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添付データ

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ハーフマップ: odd map

ファイルemd_11931_half_map_1.map
注釈odd map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: even map

ファイルemd_11931_half_map_2.map
注釈even map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Subtomogram average of outer membrane dome protein (OMDP)-C8 symm...

全体名称: Subtomogram average of outer membrane dome protein (OMDP)-C8 symmetrized
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Subtomogram average of outer membrane dome protein (OMDP)-C8 symmetrized

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超分子 #1: Subtomogram average of outer membrane dome protein (OMDP)-C8 symm...

超分子名称: Subtomogram average of outer membrane dome protein (OMDP)-C8 symmetrized
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: A549 human lung cell line
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY
凍結凍結剤: ETHANE
詳細A549 cell line

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C8 (8回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用したサブトモグラム数: 116
抽出トモグラム数: 2 / 使用した粒子像数: 116 / ソフトウェア - 名称: Dynamo
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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