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- EMDB-10820: Tomogram of lamellar body (A549 cell expressing ABCA3-eGFP) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10820
タイトルTomogram of lamellar body (A549 cell expressing ABCA3-eGFP)
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Lamellar body in A549 cells expressing ABCA3-eGFP
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Klein S / Wimmer B / Winter S / Kolovou A / Laketa W / Chlanda P
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Post-correlation on-lamella cryo-CLEM reveals the membrane architecture of lamellar bodies.
著者: Steffen Klein / Benedikt H Wimmer / Sophie L Winter / Androniki Kolovou / Vibor Laketa / Petr Chlanda /
要旨: Lamellar bodies (LBs) are surfactant-rich organelles in alveolar cells. LBs disassemble into a lipid-protein network that reduces surface tension and facilitates gas exchange in the alveolar cavity. ...Lamellar bodies (LBs) are surfactant-rich organelles in alveolar cells. LBs disassemble into a lipid-protein network that reduces surface tension and facilitates gas exchange in the alveolar cavity. Current knowledge of LB architecture is predominantly based on electron microscopy studies using disruptive sample preparation methods. We established and validated a post-correlation on-lamella cryo-correlative light and electron microscopy approach for cryo-FIB milled cells to structurally characterize and validate the identity of LBs in their unperturbed state. Using deconvolution and 3D image registration, we were able to identify fluorescently labeled membrane structures analyzed by cryo-electron tomography. In situ cryo-electron tomography of A549 cells as well as primary Human Small Airway Epithelial Cells revealed that LBs are composed of membrane sheets frequently attached to the limiting membrane through "T"-junctions. We report a so far undescribed outer membrane dome protein complex (OMDP) on the limiting membrane of LBs. Our data suggest that LB biogenesis is driven by parallel membrane sheet import and by the curvature of the limiting membrane to maximize lipid storage capacity.
履歴
登録2020年4月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月17日-
マップ公開2021年2月17日-
更新2023年3月8日-
現状2023年3月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
添付画像

emd_10820.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10820.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 388.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10.07 Å/pix.
x 94 pix.
= 946.58 Å		10.07 Å/pix.
x 1674 pix.
= 16857.18 Å		10.07 Å/pix.
x 1294 pix.
= 13030.58 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-141.0 - 56.0
平均 (標準偏差)5.074853 (±5.8941636)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin176-2784
サイズ1674129494
Spacing1294167494
セルA: 13030.58 Å / B: 16857.18 Å / C: 946.57996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z10.0710.0710.07
M x/y/z1294167494
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z13030.58016857.180946.580
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-2781764
NC/NR/NS1294167494
D min/max/mean-141.00056.0005.075

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Lamellar body in A549 cells expressing ABCA3-eGFP

全体名称: Lamellar body in A549 cells expressing ABCA3-eGFP
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Lamellar body in A549 cells expressing ABCA3-eGFP

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超分子 #1: Lamellar body in A549 cells expressing ABCA3-eGFP

超分子名称: Lamellar body in A549 cells expressing ABCA3-eGFP / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.3 nA / 集束イオンビーム - 時間: 1 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 100 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 10000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200 nm
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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