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タイトルCryo-EM structures of calcium homeostasis modulator channels in diverse oligomeric assemblies.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 6, Issue 29, Page eaba8105, Year 2020
掲載日2020年7月17日
著者Kanae Demura / Tsukasa Kusakizako / Wataru Shihoya / Masahiro Hiraizumi / Kengo Nomura / Hiroto Shimada / Keitaro Yamashita / Tomohiro Nishizawa / Akiyuki Taruno / Osamu Nureki /
PubMed 要旨Calcium homeostasis modulator (CALHM) family proteins are Ca-regulated adenosine triphosphate (ATP)-release channels involved in neural functions including neurotransmission in gustation. Here, we ...Calcium homeostasis modulator (CALHM) family proteins are Ca-regulated adenosine triphosphate (ATP)-release channels involved in neural functions including neurotransmission in gustation. Here, we present the cryo-electron microscopy (EM) structures of killifish CALHM1, human CALHM2, and CLHM-1 at resolutions of 2.66, 3.4, and 3.6 Å, respectively. The CALHM1 octamer structure reveals that the N-terminal helix forms the constriction site at the channel pore in the open state and modulates the ATP conductance. The CALHM2 undecamer and CLHM-1 nonamer structures show the different oligomeric stoichiometries among CALHM homologs. We further report the cryo-EM structures of the chimeric construct, revealing that the intersubunit interactions at the transmembrane domain (TMD) and the TMD-intracellular domain linker define the oligomeric stoichiometry. These findings advance our understanding of the ATP conduction and oligomerization mechanisms of CALHM channels.
リンクSci Adv / PubMed:32832629 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.66 - 3.6 Å
構造データ

0919

6lmt

EMDB-0919, PDB-6lmt:
Cryo-EM structure of the killifish CALHM1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

0920

6lmu

EMDB-0920, PDB-6lmu:
Cryo-EM structure of the human CALHM2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

0921

6lmv

EMDB-0921, PDB-6lmv:
Cryo-EM structure of the C. elegans CLHM-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

0922

6lmw

EMDB-0922, PDB-6lmw:
Cryo-EM structure of the CALHM chimeric construct (8-mer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

0923

6lmx

EMDB-0923, PDB-6lmx:
Cryo-EM structure of the CALHM chimeric construct (9-mer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

由来
  • oryzias latipes (ヒメダカ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • caenorhabditis elegans (センチュウ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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