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タイトルSaskemycin, a potent and selective antimycobacterial agent targeting a unique site on the ribosome.
ジャーナル・号・ページRes Sq, Year 2025
掲載日2025年11月7日
著者Gerard Wright / Michael Cook / Min Xu / Martino Morici / Dmitrii Travin / Wenliang Wang / Dorota Klepacki / Nandini Chhabra / Vishwas Rao / Henok Sahile / Dirk Hackenberger / Haaris Safdari / Max Berger / Martina Corazza / Austin Bond / Allison Guitor / Dominique Tertigas / Lijun Wang / Adam Schaenzer / Linda Ejim / Venkateswarlu Yarlagadda / James Gomez / Michael Surette / Yossef Av-Gay / Neeraj Dhar / Deborah Hung / Nora Vázquez-Laslop / Alexander Mankin / Daniel Wilson /
PubMed 要旨Tuberculosis is the deadliest bacterial disease on the planet. The months-long regimen of multiple antibiotics required to treat tuberculosis profoundly affects the microbiome and leads to the ...Tuberculosis is the deadliest bacterial disease on the planet. The months-long regimen of multiple antibiotics required to treat tuberculosis profoundly affects the microbiome and leads to the development of antimicrobial resistance. Furthermore, non-tuberculous mycobacterial infections pose an increasing clinical challenge. Consequently, there is a growing need for new narrow-spectrum mycobacteria-targeting antibiotics with different mechanisms of action. Here, we report the discovery and characterization of a natural glycolipid antibiotic, saskemycin (SKM), which demonstrates potent and highly selective activity against mycobacteria. Genome sequencing, chemical analysis, and isotope feeding strategies reveal the unique structure and biosynthetic origin of SKM. SKM binds to the small ribosomal subunit at a site not targeted by any of the clinically relevant antibiotics acting on the ribosome. Bound to the ribosome, SKM corrupts the decoding center in a unique way, preventing stable binding of aminoacyl-tRNA in the A site and inhibiting translation in a sequence context-specific manner. Self-resistance in the producing organism is conferred by methylation of a single 16S rRNA nucleotide by SasO and SasN rRNA methyltransferases. These enzymes are orthologs of the ubiquitous RsmC and SpoU methyltransferases found in most bacterial genera but absent in mycobacteria, rationalizing SKM's exquisite selectivity. The discovery of SKM provides an entry point for the development of selective, microbiome-sparing antimycobacterial antibiotics with a unique structure, binding site, and mechanism of action.
リンクRes Sq / PubMed:41282059 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.26 - 2.62 Å
構造データ

53311

9qqq

EMDB-53311: Cryo-EM map of SKM-70S ribosomal stalled complex in the major state (vacant A-site, canon)
PDB-9qqq: Cryo-EM structure of SKM-70S ribosomal stalled complex in the major state (vacant A-site, canon)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.26 Å

53341

9qsj

EMDB-53341, PDB-9qsj:
Cryo-EM structure of SKM-70S ribosomal stalled complex in the A-tRNA positioned (Body open) state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.62 Å

55145

9sro

EMDB-55145, PDB-9sro:
Cryo-EM structure of SKM-70S ribosomal stalled complex in the rotated state with hybrid tRNAs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

PDB-1ja7:
BINDING OF N-ACETYLGLUCOSAMINE TO CHICKEN EGG LYSOZYME: A POWDER DIFFRACTION STUDY

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

PDB-1jai:
H-RAS P21 PROTEIN MUTANT G12P, COMPLEXED WITH GUANOSINE-5'-[BETA,GAMMA-METHYLENE] TRIPHOSPHATE AND MANGANESE

由来
  • escherichia coli b (大腸菌)
  • streptococcus sanguinis (バクテリア)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードRIBOSOME / Antibiotics / 70S complex / Body closure / Accomodation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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