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Structure paper

タイトルMolecular basis for the recognition of low-frequency polyadenylation signals by mPSF.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 53, Issue 17, Year 2025
掲載日2025年9月5日
著者Lin Huang / Hsu-Feng Chu / Liang Tong /
PubMed 要旨The 3'-end cleavage and polyadenylation of pre-mRNAs is dependent on a key hexanucleotide motif known as the polyadenylation signal (PAS). The PAS hexamer is recognized by the mammalian ...The 3'-end cleavage and polyadenylation of pre-mRNAs is dependent on a key hexanucleotide motif known as the polyadenylation signal (PAS). The PAS hexamer is recognized by the mammalian polyadenylation specificity factor (mPSF). AAUAAA is the most frequent PAS hexamer and together with AUUAAA, the second most frequent hexamer, account for ∼75% of the poly(A) signals. The remaining hexamers are at low frequency (<3%), and the molecular basis for their recognition is still not known. Here, we have determined the binding affinities for most of the PAS hexamers, showing that the Kd values are generally inversely correlated with their frequency. We also observed good cleavage activity for two low-frequency hexamers, AAGAAA and AACAAA. We have determined the cryo-electron microscopy structures of human mPSF in complex with AAUAAU and AGUAAA, at 3.1 and 2.5 Å resolution, respectively. The overall binding modes of the two low-frequency hexamers are similar to that of AAUAAA, although the U3-A6 Hoogsteen base pair is disrupted in the AAUAAU hexamer. For AGUAAA, the G2 base undergoes a large conformational change, which allows it to maintain the hydrogen-bonding interaction with CPSF30 as observed with A2 and establish a new hydrogen bond to CPSF30.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:40930529 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.53 - 3.07 Å
構造データ

70974

9oxe

EMDB-70974, PDB-9oxe:
CRYO-EM STRUCTURE OF the human mPSF IN COMPLEX WITH THE AGUAAA poly(A) signal
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.53 Å

70993

9oxs

EMDB-70993, PDB-9oxs:
CRYO-EM STRUCTURE OF the human mPSF IN COMPLEX WITH THE AAUAAU poly(A) signal
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / polyadenylation signal / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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