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タイトルSelective inhibition of Mycobacterium tuberculosis GpsI unveils a novel strategy to target the RNA metabolism.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 53, Issue 11, Year 2025
掲載日2025年6月6日
著者Tizian Griesser / Rui Wang / Irene Pachon Angona / Janis Rogenmoser / Julia Obrist / Gisbert Schneider / Peter Sander /
PubMed 要旨Polyribonucleotide nucleotidyl-transferases (PNPases) play a critical role in the degradation of mRNA. The mycobacterial PNPase, guanosine penta-phosphate synthase I (GpsI), is an essential enzyme ...Polyribonucleotide nucleotidyl-transferases (PNPases) play a critical role in the degradation of mRNA. The mycobacterial PNPase, guanosine penta-phosphate synthase I (GpsI), is an essential enzyme in Mycobacterium tuberculosis (Mtb), collaborating with endoribonucleases and helicases to process RNA. In this study, we identify GpsI as a novel and underexplored drug target. The inhibitor 1-(4'-(2-phenyl-5-(trifluoromethyl) oxazole-4-carboxamido)-[1,1'-biphenyl]-4-caroxamido) cyclopentane-1-carboxylic acid (X1), discovered through a whole-cell screening, specifically inhibits GpsI activity in biochemical assays. Biochemical and physiological analyses of engineered GpsI variants and recombinant Mycobacterium smegmatis pinpoint amino acids 328 and 527 as critical residues for the selective activity of X1 against Mtb complex. High-resolution cryo-electron microscopy analysis of the ternary GpsI-X1-poly(A) complex elucidates the drug-binding pocket, providing insight into its mechanism of action. This study introduces a potent inhibitor targeting the underexplored Mtb-GpsI and offers a molecular explanation for its selective specificity.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:40530695 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度1.93 - 1.98 Å
構造データ

51454

9gms

EMDB-51454, PDB-9gms:
Mtb PNPase Rv2783c
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.98 Å

51455

9gmt

EMDB-51455, PDB-9gmt:
Mtb PNPase Rv2783c Mutant L328F
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.93 Å

化合物

PDB-1im2:
HslU, Haemophilus Influenzae, Selenomethionine Variant

由来
  • mycobacterium tuberculosis (結核菌)
キーワードRNA / PNPase / GpsI / RNA Degradosome / PNPase Inhibitor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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