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- EMDB-51454: Mtb PNPase Rv2783c -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51454
タイトルMtb PNPase Rv2783c
マップデータ
試料
  • 複合体: gpsI Mycobacterium tuberculosis polynucleotide phosphorylase
    • 複合体: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
      • タンパク質・ペプチド: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
    • 複合体: RNA
      • RNA: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • リガンド: 1-[[4-[4-[[2-phenyl-5-(trifluoromethyl)-1,3-oxazol-4-yl]carbonylamino]phenyl]phenyl]carbonylamino]cyclopentane-1-carboxylic acid
キーワードPNPase / GpsI / RNA Degradosome / PNPase Inhibitor / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


polyribonucleotide nucleotidyltransferase / polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity / RNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA processing / peptidoglycan-based cell wall / 3'-5'-RNA exonuclease activity / magnesium ion binding / RNA binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain superfamily / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA binding domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / KH domain ...Guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain superfamily / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA binding domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Griesser T / Sander P
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_197699/1 スイス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Selective inhibition of Mycobacterium tuberculosis GpsI unveils a novel strategy to target the RNA metabolism.
著者: Tizian Griesser / Rui Wang / Irene Pachon Angona / Janis Rogenmoser / Julia Obrist / Gisbert Schneider / Peter Sander /
要旨: Polyribonucleotide nucleotidyl-transferases (PNPases) play a critical role in the degradation of mRNA. The mycobacterial PNPase, guanosine penta-phosphate synthase I (GpsI), is an essential enzyme ...Polyribonucleotide nucleotidyl-transferases (PNPases) play a critical role in the degradation of mRNA. The mycobacterial PNPase, guanosine penta-phosphate synthase I (GpsI), is an essential enzyme in Mycobacterium tuberculosis (Mtb), collaborating with endoribonucleases and helicases to process RNA. In this study, we identify GpsI as a novel and underexplored drug target. The inhibitor 1-(4'-(2-phenyl-5-(trifluoromethyl) oxazole-4-carboxamido)-[1,1'-biphenyl]-4-caroxamido) cyclopentane-1-carboxylic acid (X1), discovered through a whole-cell screening, specifically inhibits GpsI activity in biochemical assays. Biochemical and physiological analyses of engineered GpsI variants and recombinant Mycobacterium smegmatis pinpoint amino acids 328 and 527 as critical residues for the selective activity of X1 against Mtb complex. High-resolution cryo-electron microscopy analysis of the ternary GpsI-X1-poly(A) complex elucidates the drug-binding pocket, providing insight into its mechanism of action. This study introduces a potent inhibitor targeting the underexplored Mtb-GpsI and offers a molecular explanation for its selective specificity.
履歴
登録2024年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月25日-
マップ公開2025年6月25日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51454.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51454.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.30669025 - 1.0845095
平均 (標準偏差)-0.0006029294 (±0.01839596)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 298.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51454_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51454_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : gpsI Mycobacterium tuberculosis polynucleotide phosphorylase

全体名称: gpsI Mycobacterium tuberculosis polynucleotide phosphorylase
要素
  • 複合体: gpsI Mycobacterium tuberculosis polynucleotide phosphorylase
    • 複合体: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
      • タンパク質・ペプチド: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
    • 複合体: RNA
      • RNA: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • リガンド: 1-[[4-[4-[[2-phenyl-5-(trifluoromethyl)-1,3-oxazol-4-yl]carbonylamino]phenyl]phenyl]carbonylamino]cyclopentane-1-carboxylic acid

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超分子 #1: gpsI Mycobacterium tuberculosis polynucleotide phosphorylase

超分子名称: gpsI Mycobacterium tuberculosis polynucleotide phosphorylase
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Mycobacterium tuberculosis polynucleotide phosphorylase
分子量理論値: 0.119 kDa/nm

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超分子 #2: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

超分子名称: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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超分子 #3: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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分子 #1: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

分子名称: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: polyribonucleotide nucleotidyltransferase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 63.407602 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AEIDEGVFET TATIDNGSFG TRTIRFETGR LALQAAGAVV AYLDDDNMLL SATTASKNPK EHFDFFPLTV DVEERMYAAG RIPGSFFRR EGRPSTDAIL TCRLIDRPLR PSFVDGLRNE IQIVVTILSL DPGDLYDVLA INAASASTQL GGLPFSGPIG G VRVALIDG ...文字列:
AEIDEGVFET TATIDNGSFG TRTIRFETGR LALQAAGAVV AYLDDDNMLL SATTASKNPK EHFDFFPLTV DVEERMYAAG RIPGSFFRR EGRPSTDAIL TCRLIDRPLR PSFVDGLRNE IQIVVTILSL DPGDLYDVLA INAASASTQL GGLPFSGPIG G VRVALIDG TWVGFPTVDQ IERAVFDMVV AGRIVEGDVA IMMVEAEATE NVVELVEGGA QAPTESVVAA GLEAAKPFIA AL CTAQQEL ADAAGKSGKP TVDFPVFPDY GEDVYYSVSS VATDELAAAL TIGGKAERDQ RIDEIKTQVV QRLADTYEGR EKE VGAALR ALTKKLVRQR ILTDHFRIDG RGITDIRALS AEVAVVPRAH GSALFERGET QILGVTTLDM IKMAQQIDSL GPET SKRYM HHYNFPPFST GETGRVGSPK RREIGHGALA ERALVPVLPS VEEFPYAIRQ VSEALGSNGS TSMGSVCAST LALLN AGVP LKAPVAGIAM GLVSDDIQVE GAVDGVVERR FVTLTDILGA EDAFGDMDFK VAGTKDFVTA LQLDTKLDGI PSQVLA GAL EQAKDARLTI LEVMAEAIDR PDEMSPYAPR

UniProtKB: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

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分子 #2: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 4.89313 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAA

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分子 #3: 1-[[4-[4-[[2-phenyl-5-(trifluoromethyl)-1,3-oxazol-4-yl]carbonyla...

分子名称: 1-[[4-[4-[[2-phenyl-5-(trifluoromethyl)-1,3-oxazol-4-yl]carbonylamino]phenyl]phenyl]carbonylamino]cyclopentane-1-carboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: A1IM2
分子量理論値: 563.524 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 6.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 787738
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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