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タイトルLocating the missing chlorophylls f in far-red photosystem I.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 390, Issue 6778, Page eado6830, Year 2025
掲載日2025年12月11日
著者Giovanni Consoli / Fiazall Tufail / Ho Fong Leong / Stefania Viola / Geoffry A Davis / Nicholas Rew / Daniel Medranda / Michael Hofer / Paul Simpson / Marco Sandrin / Benoit Chachuat / Jenny Nelson / Thomas Renger / James W Murray / Andrea Fantuzzi / A William Rutherford /
PubMed 要旨The discovery of chlorophyll f-containing photosystems, with their long-wavelength photochemistry, represented a distinct, low-energy paradigm for oxygenic photosynthesis. Structural studies on ...The discovery of chlorophyll f-containing photosystems, with their long-wavelength photochemistry, represented a distinct, low-energy paradigm for oxygenic photosynthesis. Structural studies on chlorophyll f-containing photosystem I could identify some chlorophyll f sites, but none among the photochemically active pigments, and thus concluded that chlorophyll f plays no photochemical role. Here, we report two cryo-electron microscopy structures of far-red photosystem I from PCC 7203, allowing the assignment of eight chlorophyll f molecules, including the redox active A. Simulations of absorption difference spectra induced by charge separation indicated that the experimental spectra can be reproduced only by considering the presence of a chlorophyll f at the A site. The chlorophyll f locations, wavelength assignments, and conserved far-red-specific residues provide functional insights for efficient use of long-wavelength photons.
リンクScience / PubMed:41066538
手法EM (単粒子)
解像度1.89 - 2.01 Å
構造データ

50063

9eys

EMDB-50063, PDB-9eys:
Structure of Far-Red Photosystem I from C. thermalis PCC 7203
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.01 Å

52762

9i9l

EMDB-52762, PDB-9i9l:
Structure of Far-Red Photosystem I from C. thermalis PCC 7203
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.89 Å

化合物

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER


化合物 画像なし

ChemComp-F6C:
Chlorophyll F

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

ChemComp-LFA:
EICOSANE

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • C. thermalis (バクテリア)
  • chroococcidiopsis thermalis pcc 7203 (バクテリア)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Chlorophyll f / Photosystem I / Far-red / cyanobacteria

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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