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万見
- PDB-9eys: Structure of Far-Red Photosystem I from C. thermalis PCC 7203 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eys
タイトルStructure of Far-Red Photosystem I from C. thermalis PCC 7203
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 8
  • Photosystem I iron-sulfur center
  • Photosystem one PsaX
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Chlorophyll f / Photosystem I / Far-red / cyanobacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / endomembrane system / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / endomembrane system / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK ...Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / Chlorophyll F / EICOSANE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I reaction center subunit XII ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / Chlorophyll F / EICOSANE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem one PsaX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit II
類似検索 - 構成要素
生物種Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Consoli, G. / Tufaill, F. / Murray, J.W. / Fantuzzi, A. / Rutherford, A.W.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V002015/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R001383/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R00921X 英国
Leverhulme TrustRPG-2022-203 英国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Far-Red Photosystem I from C. thermalis PCC 7203
著者: Consoli, G. / Tufail, F. / Leong, H. / Fantuzzi, A. / Rutherford, A.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix
著者: Murray, J.W. / Afonine, P.V. / Baker, M.L. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Croll, T.I. / Hintze, B. / Hung, L.W. / Jain, S. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R.D. / Poon, B.K. / ...著者: Murray, J.W. / Afonine, P.V. / Baker, M.L. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Croll, T.I. / Hintze, B. / Hung, L.W. / Jain, S. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R.D. / Poon, B.K. / Prisant, M.G. / Read, R.J. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Sammito, M.D. / Sobolev, O.V. / Stockwell, D.H. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A.G. / Videau, L.L. / Williams, C.J. / Adams, P.D.
履歴
登録2024年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
X: Photosystem one PsaX
N: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
O: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
P: Photosystem I iron-sulfur center
Q: Photosystem I reaction center subunit II
R: Photosystem I reaction center subunit IV
S: Photosystem I reaction center subunit III
T: Photosystem I reaction center subunit VIII
U: Photosystem I reaction center subunit IX
V: Photosystem I reaction center subunit PsaK
W: Photosystem I reaction center subunit XI
Y: Photosystem I reaction center subunit XII
Z: Photosystem one PsaX
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
c: Photosystem I iron-sulfur center
d: Photosystem I reaction center subunit II
e: Photosystem I reaction center subunit IV
f: Photosystem I reaction center subunit III
g: Photosystem I reaction center subunit VIII
h: Photosystem I reaction center subunit IX
i: Photosystem I reaction center subunit PsaK
j: Photosystem I reaction center subunit XI
k: Photosystem I reaction center subunit XII
l: Photosystem one PsaX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,111,568438
ポリマ－796,99336
非ポリマー314,575402
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 6分子 ANaBOb

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 86382.375 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
参照: UniProt: K9TWJ0, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 83304.703 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
参照: UniProt: K9TVF3, photosystem I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 24分子 DQdEReFSfITgJUhKViLWjMYk

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 15798.022 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
遺伝子: Chro_4755
発現宿主: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
参照: UniProt: K9U6S7
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 7634.748 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
参照: UniProt: K9TYF8
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 17859.723 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
参照: UniProt: K9TZX8
#7: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 5879.917 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
遺伝子: Chro_1016
発現宿主: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
参照: UniProt: K9TVX2
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 5297.427 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
参照: UniProt: K9TYS7
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK


分子量: 8201.732 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
参照: UniProt: K9TX25
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 19726.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
参照: UniProt: K9TX29
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3540.284 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
遺伝子: psaM, Chro_0108
発現宿主: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
参照: UniProt: K9TSY6

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 15分子 CPcXZl

#12: タンパク質・ペプチド Photosystem one PsaX


分子量: 3199.871 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
遺伝子: Chro_0654
発現宿主: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
参照: UniProt: K9TUG4
#20: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8839.232 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
参照: UniProt: K9TVB5, photosystem I

-
非ポリマー , 11種, 798分子

#13: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 化合物...
ChemComp-F6C / Chlorophyll F / [methyl 9-ethenyl-14-ethyl-8-formyl-4,13,18-trimethyl-20-oxo-3-{3-oxo-3-[(3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl)oxy]propyl}-3,4,23,25-tetradehydro-24,26-dihydrophorbine-21-carboxylatato(2-)-kappa~4~N~23~,N~24~,N~25~,N~26~]magnesium


分子量: 905.457 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H68MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#17: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#18: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#19: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#21: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#22: 化合物
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#23: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#24: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Far Red Photosystem I / タイプ: COMPLEX
詳細: Trimeric photosystem I from C. thermalis grown under far-red light condition.
Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: C. thermalis (バクテリア) / 株: PCC 7203 / 細胞内の位置: thylakoid membrane
緩衝液pH: 6.5
詳細: 20 mM MES NaOH pH 6.5 5 mM CaCl2 5 mM MgCl2 0.03% betaDM
試料濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: the sample was monodisperse, but the concentration high
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8854

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1560000
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83138 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 67.2 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002479578
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5515112080
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04269780
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004214388
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.878414169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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