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タイトルMolecular basis of convergent evolution of ACE2 receptor utilization among HKU5 coronaviruses.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 188, Issue 6, Page 1711-1728.e21, Year 2025
掲載日2025年3月20日
著者Young-Jun Park / Chen Liu / Jimin Lee / Jack T Brown / Cheng-Bao Ma / Peng Liu / Risako Gen / Qing Xiong / Samantha K Zepeda / Cameron Stewart / Amin Addetia / Caroline J Craig / M Alejandra Tortorici / Abeer N Alshukairi / Tyler N Starr / Huan Yan / David Veesler /
PubMed 要旨DPP4 was considered a canonical receptor for merbecoviruses until the recent discovery of African bat-borne MERS-related coronaviruses using ACE2. The extent and diversity of ACE2 utilization among ...DPP4 was considered a canonical receptor for merbecoviruses until the recent discovery of African bat-borne MERS-related coronaviruses using ACE2. The extent and diversity of ACE2 utilization among merbecoviruses and their receptor species tropism remain unknown. Here, we reveal that HKU5 enters host cells utilizing Pipistrellus abramus (P.abr) and several non-bat mammalian ACE2s through a binding mode distinct from that of any other known ACE2-using coronaviruses. We defined the molecular determinants of receptor species tropism and identified a single amino acid mutation enabling HKU5 to utilize human ACE2, providing proof of principle for machine-learning-assisted outbreak preparedness. We show that MERS-CoV and HKU5 have markedly distinct antigenicity and identified several HKU5 inhibitors, including two clinical compounds. Our findings profoundly alter our understanding of coronavirus evolution, as several merbecovirus clades independently evolved ACE2 utilization, and pave the way for developing countermeasures against viruses poised for human emergence.
リンクCell / PubMed:39922192 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.0 - 3.1 Å
構造データ

46512

9d32

EMDB-46512, PDB-9d32:
Structure of the HKU5 RBD bound to the P. abramus ACE2 receptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

47358

9e0i

EMDB-47358, PDB-9e0i:
Structure of the HKU5-19s RBD bound to the Bos taurus ACE2 receptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

47823

9ea0

EMDB-47823, PDB-9ea0:
Structure of the prefusion HKU5-19s Spike trimer (conformation 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.0 Å

48048

9eh8

EMDB-48048, PDB-9eh8:
Structure of the prefusion HKU5-19s Spike trimer (conformation 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.0 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-FOL:
FOLIC ACID

ChemComp-EIC:
LINOLEIC ACID

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • pipistrellus abramus (アブラコウモリ)
  • pipistrellus bat coronavirus hku5 (ウイルス)
  • bos taurus (ウシ)
キーワードVIRAL PROTEIN/HYDROLASE / MERS-related HKU5 coronaviruses / MERSr-CoV / Spike glycoprotein / fusion protein / Pipistrellus abramus ACE2 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / inhibitor / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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