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Structure paper

タイトルStructure of the SARS-CoV-2 main protease
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2024年5月10日 (構造データの登録日)
著者Blankenship, L.R. / Liu, W.R.
リンクPubMedで検索
手法X線回折
解像度1.6 - 2.5 Å
構造データ

PDB-9bql:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor VB-A-32
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-9bqm:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor VB-A-26
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-9bqo:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor k88
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-9bqp:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor R79
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-9bqq:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor R81
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-9bqt:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor R80
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-9bqy:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor R70
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-9bqz:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor x11
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-9br0:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor YR-B-84
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-9br1:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor VB-A-70
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-9bs7:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor Vinylpyridine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-9bs8:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor YR-B-107
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-9bsa:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor VB-B-112
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-9bse:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor YR-B-165
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-9bsf:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor SR-A-171
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-9bsg:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor VB-C-20
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-9bsi:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor SR-B-7
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-9bso:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor SR-B-13
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-9bsp:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor VB-C-68
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-9bsq:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor VB-C-70
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-9bsr:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor YR-B-136B
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-9bst:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor CID8009_5647
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-9bte:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor CID5573_0017
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-9btf:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor SR-B-77
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-9btk:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor YR-C-108T
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-9btr:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor YR-C-163
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-9btt:
Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor SR-B-51T
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

化合物

PDB-1arg:
Aspartate aminotransferase, phospho-5'-pyridoxyl aspartate complex

ChemComp-HOH:
WATER

PDB-1ari:
Aspartate aminotransferase, W140H mutant, maleate complex

PDB-1arm:
CARBOXYPEPTIDASE A WITH ZN REPLACED BY HG


PDB 未公開エントリ

PDB-1arn: Unknown entry

PDB-1arh:
ASPARTATE AMINOTRANSFERASE, Y225R/R386A MUTANT

PDB-1ars:
X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE-TYPE ASPARTATE AMINOTRANSFERASES FROM ESCHERICHIA COLI IN OPEN AND CLOSED FORM

PDB-1art:
X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE-TYPE ASPARTATE AMINOTRANSFERASES FROM ESCHERICHIA COLI IN OPEN AND CLOSED FORM

PDB-1arv:
CRYSTAL STRUCTURES OF CYANIDE-AND TRIIODIDE-BOUND FORMS OF ARTHROMYCES RAMOSUS PEROXIDASE AT DIFFERENT PH VALUES. PERTURBATIONS OF ACTIVE SITE RESIDUES AND THEIR IMPLICATION IN ENZYME CATALYSIS

PDB-1aru:
CRYSTAL STRUCTURES OF CYANIDE-AND TRIIODIDE-BOUND FORMS OF ARTHROMYCES RAMOSUS PEROXIDASE AT DIFFERENT PH VALUES. PERTURBATIONS OF ACTIVE SITE RESIDUES AND THEIR IMPLICATION IN ENZYME CATALYSIS

PDB-1arr:
RELAXATION MATRIX REFINEMENT OF THE SOLUTION STRUCTURE OF THE ARC REPRESSOR


PDB 未公開エントリ

PDB-1ar3: Unknown entry

PDB-1ar4:
X-RAY STRUCTURE ANALYSIS OF THE CAMBIALISTIC SUPEROXIDE DISMUTASE FROM PROPIONIBACTERIUM SHERMANII ACTIVE WITH FE OR MN

PDB-1ar5:
X-RAY STRUCTURE OF THE CAMBIALISTIC SUPEROXIDE DISMUTASE FROM PROPIONIBACTERIUM SHERMANII ACTIVE WITH FE OR MN

PDB-1ar6:
P1/MAHONEY POLIOVIRUS, DOUBLE MUTANT V1160I +P1095S

PDB-1ar7:
P1/MAHONEY POLIOVIRUS, DOUBLE MUTANT P1095S + H2142Y

PDB-1ar8:
P1/MAHONEY POLIOVIRUS, MUTANT P1095S

PDB-1ar9:
P1/MAHONEY POLIOVIRUS, SINGLE SITE MUTANT H2142Y

PDB-1arw:
CRYSTAL STRUCTURES OF CYANIDE-AND TRIIODIDE-BOUND FORMS OF ARTHROMYCES RAMOSUS PEROXIDASE AT DIFFERENT PH VALUES. PERTURBATIONS OF ACTIVE SITE RESIDUES AND THEIR IMPLICATION IN ENZYME CATALYSIS

PDB-1arx:
CRYSTAL STRUCTURES OF CYANIDE-AND TRIIODIDE-BOUND FORMS OF ARTHROMYCES RAMOSUS PEROXIDASE AT DIFFERENT PH VALUES. PERTURBATIONS OF ACTIVE SITE RESIDUES AND THEIR IMPLICATION IN ENZYME CATALYSIS

PDB-1ary:
CRYSTAL STRUCTURES OF CYANIDE-AND TRIIODIDE-BOUND FORMS OF ARTHROMYCES RAMOSUS PEROXIDASE AT DIFFERENT PH VALUES. PERTURBATIONS OF ACTIVE SITE RESIDUES AND THEIR IMPLICATION IN ENZYME CATALYSIS

PDB-1asa:
THE STRUCTURAL BASIS FOR THE REDUCED ACTIVITY OF THE Y226F(Y225F) ACTIVE SITE MUTANT OF E. COLI ASPARTATE AMINOTRANSFERASE

ChemComp-A5Z:
[3-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-5-methyl-1,2-oxazol-4-yl]methanol

PDB-1asf:
THE STRUCTURAL BASIS FOR THE REDUCED ACTIVITY OF THE Y226F(Y225F) ACTIVE SITE MUTANT OF E. COLI ASPARTATE AMINOTRANSFERASE

PDB-1ash:
THE STRUCTURE OF ASCARIS HEMOGLOBIN DOMAIN I AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION: MOLECULAR FEATURES OF OXYGEN AVIDITY

PDB-1asg:
THE STRUCTURAL BASIS FOR THE REDUCED ACTIVITY OF THE Y226F(Y225F) ACTIVE SITE MUTANT OF E. COLI ASPARTATE AMINOTRANSFERASE


PDB 未公開エントリ

PDB-1asi: Unknown entry

PDB-1asj:
P1/MAHONEY POLIOVIRUS, AT CRYOGENIC TEMPERATURE

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Hydrolase / main protease

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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