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タイトルMechanisms of sensory adaptation and inhibition of the cold and menthol receptor TRPM8.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 31, Page eadp2211, Year 2024
掲載日2024年8月2日
著者Ying Yin / Cheon-Gyu Park / Feng Zhang / Justin G Fedor / Shasha Feng / Yang Suo / Wonpil Im / Seok-Yong Lee /
PubMed 要旨Our sensory adaptation to cold and chemically induced coolness is mediated by the intrinsic property of TRPM8 channels to desensitize. TRPM8 is also implicated in cold-evoked pain disorders and ...Our sensory adaptation to cold and chemically induced coolness is mediated by the intrinsic property of TRPM8 channels to desensitize. TRPM8 is also implicated in cold-evoked pain disorders and migraine, highlighting its inhibitors as an avenue for pain relief. Despite the importance, the mechanisms of TRPM8 desensitization and inhibition remained unclear. We found, using cryo-electron microscopy, electrophysiology, and molecular dynamics simulations, that TRPM8 inhibitors bind selectively to the desensitized state of the channel. These inhibitors were used to reveal the overlapping mechanisms of desensitization and inhibition and that cold and cooling agonists share a common desensitization pathway. Furthermore, we identified the structural determinants crucial for the conformational change in TRPM8 desensitization. Our study illustrates how receptor-level conformational changes alter cold sensation, providing insights into therapeutic development.
リンクSci Adv / PubMed:39093967 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.76 - 4.13 Å
構造データ

EMDB-44255, PDB-9b6d:
Cryo-EM structure of the mouse TRPM8 channel in the ligand-free desensitized state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-44256, PDB-9b6e:
Cryo-EM structure of the mouse TRPM8 channel in complex with the antagonist TC-I 2014
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

EMDB-44257, PDB-9b6f:
Cryo-EM structure of the mouse TRPM8 channel in complex with the antagonist AMG2850
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.42 Å

EMDB-44258, PDB-9b6g:
Cryo-EM structure of the mouse TRPM8 channel in complex with the antagonist AMTB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.81 Å

EMDB-44259, PDB-9b6h:
Cryo-EM structure of the mouse TRPM8 channel in complex with the antagonist TC-I 2014 and the cooling agonist C3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

EMDB-44260, PDB-9b6i:
Cryo-EM structure of the avian great tit TRPM8 channel in complex with the antagonist TC-I 2014
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

EMDB-44261, PDB-9b6j:
Cryo-EM structure of the mouse TRPM8 channel in complex with PI(4,5)P2 and Ca2+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.53 Å

EMDB-44262, PDB-9b6k:
Cryo-EM structure of the mouse TRPM8 channel in complex with Ca2+ in the absence of PI(4,5)P2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.13 Å

化合物

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-T14:
3-{7-(trifluoromethyl)-5-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1H-benzimidazol-2-yl}-1-oxa-2-azaspiro[4.5]dec-2-ene

PDB-1aiy:
R6 HUMAN INSULIN HEXAMER (SYMMETRIC), NMR, 10 STRUCTURES

ChemComp-LQ7:
N-(3-aminopropyl)-2-[(3-methylphenyl)methoxy]-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide / AMTB

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-ULO:
nonyl(oxo)di(propan-2-yl)-lambda~5~-phosphane

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-PIO:
[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • parus major (シジュウカラ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRPM8 / menthol receptor / cold receptor / PI(4 / 5)P2 / cooling agonists / temperature sensing / ion channel / sensory transduction / transient receptor potential ion channel / TRPM8 activation / TRPM8 inhibition / TRPM8 desensitization / TRPM8 antagonists

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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