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タイトルA single residue switch mediates the broad neutralization of Rotaviruses.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 838, Year 2025
掲載日2025年1月20日
著者Yang Huang / Feibo Song / Yuanjun Zeng / Hui Sun / Roufang Sheng / Xuechun Wang / Liqin Liu / Guoxing Luo / Yanan Jiang / Yaling Chen / Mengxuan Zhang / Shiyin Zhang / Ying Gu / Hai Yu / Shaowei Li / Tingdong Li / Qingbing Zheng / Shengxiang Ge / Jun Zhang / Ningshao Xia /
PubMed 要旨Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) could offer escape-tolerant and lasting protection against viral infections and therefore guide development of broad-spectrum vaccines. The increasing ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) could offer escape-tolerant and lasting protection against viral infections and therefore guide development of broad-spectrum vaccines. The increasing challenge posed by viral evolution and immune evasion intensifies the importance of the discovery of bNAbs and their underlying neutralization mechanism. Here, focusing on the pivotal viral protein VP4 of rotavirus (RV), we identify a potent bNAb, 7H13, exhibiting broad-spectrum neutralization across diverse RV genotypes and demonstrating strong prevention of virus infection in female mice. A combination of time-resolved cryo-electron microscopy (cryo-EM) and in situ cryo-electron tomography (cryo-ET) analysis reveals a counterintuitive dynamic process of virus inactivation, in which 7H13 asymmetrically binds to a conserved epitope in the capsid-proximal aspect of VP4, triggers a conformational switch in a critical residue-F418-thereby disrupts the meta-stable conformation of VP4 essential for normal viral infection. Structure-guided mutagenesis corroborates the essential role of the 7H13 heavy chain I54 in activating F418 switch and destabilizing VP4. These findings define an atypical NAbs' neutralization mechanism and reveal a potential type of virus vulnerable site for universal vaccine and therapeutics design.
リンクNat Commun / PubMed:39833145 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.01 - 4.19 Å
構造データ

39260

8ygr

EMDB-39260, PDB-8ygr:
Cryo-EM structure of partial VP4 from simian rotavirus SA11
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.84 Å

39261

8ygs

EMDB-39261, PDB-8ygs:
Cryo-EM structure of simian rotavirus SA11 VP4 in complex with nAb 7H13
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

EMDB-39262: Cryo-EM structure of simian rotavirus SA11 VP4 in complex with nAb 7H13 at Low concentration
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.19 Å

39263

8ygt

EMDB-39263, PDB-8ygt:
Cryo-EM structure of simian rotavirus SA11 VP4 in complex with nAb 7H13-I54G mutant (left side)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

39264

8ygu

EMDB-39264, PDB-8ygu:
Cryo-EM structure of simian rotavirus SA11 VP4 in complex with nAb 7H13-I54G mutant (right side)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

EMDB-62323: Cryo-EM structure of simian rotavirus SA11 TLP in complex with nAb 41# (37 degree Celsius, 1 h)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.96 Å

由来
  • rotavirus a (ロタウイルス A)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • Homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRUS / ROTAVIRUS / VP4 / 7H13

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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