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- EMDB-39261: Cryo-EM structure of simian rotavirus SA11 VP4 in complex with nA... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39261
タイトルCryo-EM structure of simian rotavirus SA11 VP4 in complex with nAb 7H13
マップデータ
試料
  • 複合体: Immune complex of rotavirus with 7H13
    • 複合体: Rotavirus VP4
      • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein VP4
      • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein VP4
    • 複合体: Fab 7H13
      • タンパク質・ペプチド: Antibody 7H13 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody 7H13 light chain
キーワードVIRUS / ROTAVIRUS / VP4
機能・相同性
機能・相同性情報


host cytoskeleton / viral outer capsid / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / host cell endoplasmic reticulum / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus A (ロタウイルス A) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å
データ登録者Huang Y / Sun H / Zheng Q / Li S / Ge S / Xia N
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A single residue switch mediates the broad neutralization of Rotaviruses.
著者: Yang Huang / Feibo Song / Yuanjun Zeng / Hui Sun / Roufang Sheng / Xuechun Wang / Liqin Liu / Guoxing Luo / Yanan Jiang / Yaling Chen / Mengxuan Zhang / Shiyin Zhang / Ying Gu / Hai Yu / ...著者: Yang Huang / Feibo Song / Yuanjun Zeng / Hui Sun / Roufang Sheng / Xuechun Wang / Liqin Liu / Guoxing Luo / Yanan Jiang / Yaling Chen / Mengxuan Zhang / Shiyin Zhang / Ying Gu / Hai Yu / Shaowei Li / Tingdong Li / Qingbing Zheng / Shengxiang Ge / Jun Zhang / Ningshao Xia /
要旨: Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) could offer escape-tolerant and lasting protection against viral infections and therefore guide development of broad-spectrum vaccines. The increasing ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) could offer escape-tolerant and lasting protection against viral infections and therefore guide development of broad-spectrum vaccines. The increasing challenge posed by viral evolution and immune evasion intensifies the importance of the discovery of bNAbs and their underlying neutralization mechanism. Here, focusing on the pivotal viral protein VP4 of rotavirus (RV), we identify a potent bNAb, 7H13, exhibiting broad-spectrum neutralization across diverse RV genotypes and demonstrating strong prevention of virus infection in female mice. A combination of time-resolved cryo-electron microscopy (cryo-EM) and in situ cryo-electron tomography (cryo-ET) analysis reveals a counterintuitive dynamic process of virus inactivation, in which 7H13 asymmetrically binds to a conserved epitope in the capsid-proximal aspect of VP4, triggers a conformational switch in a critical residue-F418-thereby disrupts the meta-stable conformation of VP4 essential for normal viral infection. Structure-guided mutagenesis corroborates the essential role of the 7H13 heavy chain I54 in activating F418 switch and destabilizing VP4. These findings define an atypical NAbs' neutralization mechanism and reveal a potential type of virus vulnerable site for universal vaccine and therapeutics design.
履歴
登録2024年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年2月12日-
現状2025年2月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39261.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39261.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 360 pix.
= 360. Å		1 Å/pix.
x 360 pix.
= 360. Å		1 Å/pix.
x 360 pix.
= 360. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.004465378 - 2.3843796
平均 (標準偏差)0.0029035627 (±0.033047594)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 360.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39261_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39261_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Immune complex of rotavirus with 7H13

全体名称: Immune complex of rotavirus with 7H13
要素
  • 複合体: Immune complex of rotavirus with 7H13
    • 複合体: Rotavirus VP4
      • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein VP4
      • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein VP4
    • 複合体: Fab 7H13
      • タンパク質・ペプチド: Antibody 7H13 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody 7H13 light chain

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超分子 #1: Immune complex of rotavirus with 7H13

超分子名称: Immune complex of rotavirus with 7H13 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rotavirus A (ロタウイルス A) / 株: SA11

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超分子 #2: Rotavirus VP4

超分子名称: Rotavirus VP4 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Rotavirus A (ロタウイルス A) / 株: SA11

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超分子 #3: Fab 7H13

超分子名称: Fab 7H13 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Outer capsid protein VP4

分子名称: Outer capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rotavirus A (ロタウイルス A) / 株: SA11
分子量理論値: 64.861418 KDa
配列文字列: GYKMASLIYR QLLTNSYTVD LSDEIQEIGS TKSQNVTINP GPFAQTGYAP VNWGPGEIND STTVEPLLDG PYQPTTFNPP VDYWMLLAP TTPGVIVEGT NNTDRWLATI LIEPNVQSEN RTYTIFGIQE QLTVSNTSQD QWKFIDVVKT TANGSIGQYG P LLSSPKLY ...文字列:
GYKMASLIYR QLLTNSYTVD LSDEIQEIGS TKSQNVTINP GPFAQTGYAP VNWGPGEIND STTVEPLLDG PYQPTTFNPP VDYWMLLAP TTPGVIVEGT NNTDRWLATI LIEPNVQSEN RTYTIFGIQE QLTVSNTSQD QWKFIDVVKT TANGSIGQYG P LLSSPKLY AVMKHNEKLY TYEGQTPNAR TAHYSTTNYD SVNMTAFCDF YIIPRSEESK CTEYINNGLP PIQNTRNVVP LS LTARDVI HYRAQANEDI VISKTSLWKE MQYNRDITIR FKFANTIIKS GGLGYKWSEI SFKPANYQYT YTRDGEEVTA HTT CSVNGV NDFSFNGGSL PTDFVVSKFE VIKENSYVYI DYWDDSQAFR NVVYVRSLAA NLNSVMCTGG SYNFSLPVGQ WPVL TGGAV SLHSAGVTLS TQFTDFVSLN SLRFRFRLAV EEPHFKLTRT RLSRLYGLPA ANPNNGKEYY EIAGRFSLIS LVPSN HDYQ TPIANSVTVR QDLERQLGEL REEFNALSQE IAMSQLIDLA LLPLDMFSMF SGIKSTIDAA KSMATNVMKK FKKSGL ANS VSTLTDSLSD AASSISRG

UniProtKB: Outer capsid protein VP4

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分子 #2: Outer capsid protein VP4

分子名称: Outer capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rotavirus A (ロタウイルス A) / 株: SA11
分子量理論値: 64.891465 KDa
配列文字列: GYKMASLIYR QLLTNSYTVD LSDEIQEIGS TKSQNVTINP GPFAQTGYAP VNWGPGEIND STTVEPLLDG PYQPTTFNPP VDYWMLLAP TTPGVIVEGT NNTDRWLATI LIEPNVQSEN RTYTIFGIQE QLTVSNTSQD QWKFIDVAKT TANGSIEQYG P LLSSPKLY ...文字列:
GYKMASLIYR QLLTNSYTVD LSDEIQEIGS TKSQNVTINP GPFAQTGYAP VNWGPGEIND STTVEPLLDG PYQPTTFNPP VDYWMLLAP TTPGVIVEGT NNTDRWLATI LIEPNVQSEN RTYTIFGIQE QLTVSNTSQD QWKFIDVAKT TANGSIEQYG P LLSSPKLY AVMKHNKKLY TYEGQTPNAR TGHYSTTNYD SVNMTAFCDF YIIPRSEESK CTEYINNGLP PIQNTRNVVP LS LTARDVI HYRAQANEDI VISKTSLWKE MQYNRDITIR FKFANTIIKS GGLGYKWSEI SFKPANYQYT YTRDGEEVTA HTT CSVNGV NDFSFNGGSL PTDFVVSKFE VIKENSYVYI DYWDDSQAFR NVVYVRSLAA NLNSVMCTGG SYNFSLPVGQ WPVL TGGAV SLHSAGVTLS TQFTDFVSLN SLRFRFRLAV EEPHFKLTRT RLSRLYGLPA ANPNNGKEYY EIAGRFSLIS LVPSN HDYQ TPIANSVTVR QDLERQLGEL REEFNALSQE IAMSQLIDLA LLPLDMFSMF SGIKSTIDAA KSMATNVMKK FKKSGL ANS VSTLTDSLSD AASSISRG

UniProtKB: Outer capsid protein VP4

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分子 #3: Antibody 7H13 heavy chain

分子名称: Antibody 7H13 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.766267 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
QVQLKESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFSLS RYSVHWVRQP PGKGLEWLGM IWNIGSTDYN SALKSRLSIS KDNSQSQVFL KLNSLQTDD AAIYYCARNS GFDLFDFWGQ GTTLTVS

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分子 #4: Antibody 7H13 light chain

分子名称: Antibody 7H13 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.640938 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
DIVMTQSHKF MSTSVGDRVS ITCKASQDVT SAVAWYQQKP GQSPKLLISS ASYRYTGVPD RFSGSGSGTD FTFTISSVQA EDLAVYYCQ QHYSTPPTFG AGTKLELK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 728771
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: cryosparc local refine
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: cryosparc local refine

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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