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万見
- PDB-8ygr: Cryo-EM structure of partial VP4 from simian rotavirus SA11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ygr
タイトルCryo-EM structure of partial VP4 from simian rotavirus SA11
要素(Outer capsid protein VP4) x 3
キーワードVIRUS / ROTAVIRUS / VP4
機能・相同性
機能・相同性情報


host cytoskeleton / viral outer capsid / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / host cell endoplasmic reticulum / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus A (ロタウイルス A)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å
データ登録者Huang, Y. / Sun, H. / Zheng, Q. / Li, S. / Ge, S. / Xia, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A single residue switch mediates the broad neutralization of Rotaviruses.
著者: Yang Huang / Feibo Song / Yuanjun Zeng / Hui Sun / Roufang Sheng / Xuechun Wang / Liqin Liu / Guoxing Luo / Yanan Jiang / Yaling Chen / Mengxuan Zhang / Shiyin Zhang / Ying Gu / Hai Yu / ...著者: Yang Huang / Feibo Song / Yuanjun Zeng / Hui Sun / Roufang Sheng / Xuechun Wang / Liqin Liu / Guoxing Luo / Yanan Jiang / Yaling Chen / Mengxuan Zhang / Shiyin Zhang / Ying Gu / Hai Yu / Shaowei Li / Tingdong Li / Qingbing Zheng / Shengxiang Ge / Jun Zhang / Ningshao Xia /
要旨: Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) could offer escape-tolerant and lasting protection against viral infections and therefore guide development of broad-spectrum vaccines. The increasing ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) could offer escape-tolerant and lasting protection against viral infections and therefore guide development of broad-spectrum vaccines. The increasing challenge posed by viral evolution and immune evasion intensifies the importance of the discovery of bNAbs and their underlying neutralization mechanism. Here, focusing on the pivotal viral protein VP4 of rotavirus (RV), we identify a potent bNAb, 7H13, exhibiting broad-spectrum neutralization across diverse RV genotypes and demonstrating strong prevention of virus infection in female mice. A combination of time-resolved cryo-electron microscopy (cryo-EM) and in situ cryo-electron tomography (cryo-ET) analysis reveals a counterintuitive dynamic process of virus inactivation, in which 7H13 asymmetrically binds to a conserved epitope in the capsid-proximal aspect of VP4, triggers a conformational switch in a critical residue-F418-thereby disrupts the meta-stable conformation of VP4 essential for normal viral infection. Structure-guided mutagenesis corroborates the essential role of the 7H13 heavy chain I54 in activating F418 switch and destabilizing VP4. These findings define an atypical NAbs' neutralization mechanism and reveal a potential type of virus vulnerable site for universal vaccine and therapeutics design.
履歴
登録2024年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein VP4
B: Outer capsid protein VP4
C: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,6423
ポリマ－194,6423
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Outer capsid protein VP4


分子量: 64861.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rotavirus A (ロタウイルス A) / 株: SA11 / 参照: UniProt: A0A5J6BC68
#2: タンパク質 Outer capsid protein VP4


分子量: 64889.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rotavirus A (ロタウイルス A) / 株: SA11 / 参照: UniProt: A0A5J6BC68
#3: タンパク質 Outer capsid protein VP4


分子量: 64891.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rotavirus A (ロタウイルス A) / 株: SA11 / 参照: UniProt: A0A5J6BC68
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Rotavirus AVIRUSall0NATURAL
2Partial VP4 of rotavirusCOMPLEXall1NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
22
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
21Rotavirus A (ロタウイルス A)28875SA11
32Rotavirus A (ロタウイルス A)28875SA11
ウイルスについての詳細
IDEntity assembly-ID中空かエンベロープを持つか単離タイプ
11NONOSTRAINVIRION
22
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 367118 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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