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タイトルImplication of Stm1 in the protection of eIF5A, eEF2 and tRNA through dormant ribosomes.
ジャーナル・号・ページFront Mol Biosci, Vol. 11, Page 1395220, Year 2024
掲載日2024年4月18日
著者Mengtan Du / Xin Li / Wanlin Dong / Fuxing Zeng /
PubMed 要旨 Dormant ribosomes are typically associated with preservation factors to protect themselves from degradation under stress conditions. Stm1/SERBP1 is one such protein that anchors the 40S and 60S ... Dormant ribosomes are typically associated with preservation factors to protect themselves from degradation under stress conditions. Stm1/SERBP1 is one such protein that anchors the 40S and 60S subunits together. Several proteins and tRNAs bind to this complex as well, yet the molecular mechanisms remain unclear. Here, we reported the cryo-EM structures of five newly identified Stm1/SERBP1-bound ribosomes. These structures highlighted that eIF5A, eEF2, and tRNA might bind to dormant ribosomes under stress to avoid their own degradation, thus facilitating protein synthesis upon the restoration of growth conditions. In addition, Ribo-seq data analysis reflected the upregulation of nutrient, metabolism, and external-stimulus-related pathways in the strain, suggesting possible regulatory roles of Stm1. The knowledge generated from the present work will facilitate in better understanding the molecular mechanism of dormant ribosomes.
リンクFront Mol Biosci / PubMed:38698775 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 3.59 Å
構造データ

37991

8y0w

EMDB-37991: Dormant Ribosome with eIF5A,eEF2 and SERBP1
PDB-8y0w: dormant ribosome with eIF5A, eEF2 and SERBP1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

37992

8y0x

EMDB-37992: Dormant Ribosome with eEF2 and SERBP1
PDB-8y0x: Dormant ribosome with SERBP1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-37993: dormant ribosome with STM1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-37994: dormant ribosome with STM1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.59 Å

37995

8y0u

EMDB-37995, PDB-8y0u:
dormant ribosome with STM1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.59 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードRIBOSOME / STM1 / dormant ribosome / SERBP1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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