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タイトルSpectroscopically Validated pH-dependent MSOX Movies Provide Detailed Mechanism of Copper Nitrite Reductases.
ジャーナル・号・ページJ. Mol. Biol., Vol. 436, Page 168706-168706, Year 2024
掲載日2023年11月29日 (構造データの登録日)
著者Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, R.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.
リンクJ. Mol. Biol. / PubMed:39002715
手法X線回折
解像度1.05 - 2.18 Å
構造データ

PDB-8r8s:
Low pH (5.5) as-isolated MSOX movie series dataset 1 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [0.57 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.11 Å

PDB-8rfl:
Low pH (5.5) nitrite-bound MSOX movie series dataset 1 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [0.61 MGy] - nitrite (start)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.16 Å

PDB-8rfo:
Low pH (pH 5.5) nitrite-bound MSOX movie series dataset 2 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [1.22 MGy] - nitrite intermediate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.19 Å

PDB-8rfp:
Low pH (5.5) nitrite-bound MSOX movie series dataset 3 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [1.83 MGy] - nitrite/NO intermediate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.23 Å

PDB-8rfq:
Low pH (5.5) nitrite-bound MSOX movie series dataset 5 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [3.05 MGy] - nitric oxide (NO) intermediate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.32 Å

PDB-8rfr:
Low pH (5.5) nitrite-bound MSOX movie series dataset 7 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [4.27 MGy] - NO/water intermediate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8rfs:
Low pH (5.5) nitrite-bound MSOX movie series dataset 11 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [6.71 MGy] - water ligand
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.54 Å

PDB-8rft:
Low pH (5.5) nitrite-bound MSOX movie series dataset 17 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [10.37 MGy] - water ligand + decarboxylated AspCAT
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-8rfu:
Low pH (5.5) nitrite-bound MSOX movie series dataset 40 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [24.4 MGy] - water ligand + decarboxylated AspCAT (final)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.18 Å

PDB-8rfv:
High pH (8.0) as-isolated MSOX movie series dataset 1 of the copper nitrite reductase from Bradyrhizobium sp. ORS375 (two-domain) [0.41 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.31 Å

PDB-8rfw:
High pH (8.0) as-isolated MSOX movie series dataset 2 of the copper nitrite reductase from Bradyrhizobium sp. ORS375 (two-domain) [0.82 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.33 Å

PDB-8rfx:
High pH (8.0) as-isolated MSOX movie series dataset 5 of the copper nitrite reductase from Bradyrhizobium sp. ORS375 (two-domain) [2.05 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8rfy:
High pH (8.0) as-isolated MSOX movie series dataset 30 of the copper nitrite reductase from Bradyrhizobium sp. ORS375 (two-domain) [12.3 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-8rg8:
High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 1 of the copper nitrite reductase from Bradyrhizobium sp. ORS375 (two-domain) [0.68 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.21 Å

PDB-8rg9:
High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 2 of the copper nitrite reductase from Bradyrhizobium sp. ORS375 (two-domain) [1.36 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.25 Å

PDB-8rgb:
High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 5 of the copper nitrite reductase from Bradyrhizobium sp. ORS375 (two-domain) [3.4 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.39 Å

PDB-8rgc:
High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 10 of the copper nitrite reductase from Bradyrhizobium sp. ORS375 (two-domain) [6.8 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-8rgd:
High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 15 of the copper nitrite reductase from Bradyrhizobium sp. ORS375 (two-domain) [10.2 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.71 Å

PDB-8ru9:
High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 1 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [0.69 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.1 Å

PDB-8rur:
High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 2 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [1.38 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.13 Å

PDB-8ryj:
High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 3 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [2.07 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.16 Å

PDB-8ryr:
High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 4 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [2.76 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.25 Å

PDB-8ryu:
High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 10 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [6.9 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-8ryv:
MSOX movie series dataset 10 (11.5 MGy) for nitrite bound BrJNiR (Cu containing nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 at pH 8.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-8s0w:
High pH (8.0) as-isolated MSOX movie series dataset 1 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [0.35 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.05 Å

PDB-8s2q:
High pH (8.0) as-isolated MSOX movie series dataset 2 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [0.7 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.05 Å

PDB-8s5x:
High pH (8.0) as-isolated MSOX movie series dataset 10 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [3.5 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.12 Å

PDB-8s5y:
High pH (8.0) as-isolated MSOX movie series dataset 40 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [14 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-8s63:
Low pH (5.5) as-isolated MSOX movie series dataset 3 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [1.71 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.17 Å

PDB-8s64:
Low pH (5.5) as-isolated MSOX movie series dataset 10 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [5.7 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.42 Å

PDB-8s68:
Low pH (5.5) as-isolated MSOX movie series dataset 20 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [11.4 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.66 Å

PDB-8s69:
Low pH (5.5) as-isolated MSOX movie series dataset 40 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [22.8 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-9evm:
High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 30 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [20.7 MGy]
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

化合物

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-NO2:
NITRITE ION / 二酸化窒素

ChemComp-NO:
NITRIC OXIDE / ニトロキシル

ChemComp-EPE:
4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / pH緩衝剤*YM

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-CO2:
CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素

ChemComp-GLC:
alpha-D-glucopyranose / α-D-グルコピラノ-ス

ChemComp-FRU:
beta-D-fructofuranose / β-D-フルクトフラノ-ス

由来
  • bradyrhizobium diazoefficiens usda 110 (根粒菌)
  • bradyrhizobium sp. ors 375 (根粒菌)
  • bradyrhizobium sp. (根粒菌)
キーワードOXIDOREDUCTASE / electron transfer / Copper nitrite reductase / Copper-containing nitrite reductase / BrJNiR / low pH / nitrite-bound / MSOX / Br2DNiR / high pH / as-isolated / resting state / Nitrite binding / nitrite reductase

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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