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Structure paper

タイトルA resurrected ancestor of Cas12a expands target access and substrate recognition for nucleic acid editing and detection.
ジャーナル・号・ページNat Biotechnol, Year 2024
掲載日2024年10月31日
著者Ylenia Jabalera / Igor Tascón / Sara Samperio / Jorge P López-Alonso / Monika Gonzalez-Lopez / Ana M Aransay / Guillermo Abascal-Palacios / Chase L Beisel / Iban Ubarretxena-Belandia / Raul Perez-Jimenez /
PubMed 要旨The properties of Cas12a nucleases constrict the range of accessible targets and their applications. In this study, we applied ancestral sequence reconstruction (ASR) to a set of Cas12a orthologs ...The properties of Cas12a nucleases constrict the range of accessible targets and their applications. In this study, we applied ancestral sequence reconstruction (ASR) to a set of Cas12a orthologs from hydrobacteria to reconstruct a common ancestor, ReChb, characterized by near-PAMless targeting and the recognition of diverse nucleic acid activators and collateral substrates. ReChb shares 53% sequence identity with the closest Cas12a ortholog but no longer requires a T-rich PAM and can achieve genome editing in human cells at sites inaccessible to the natural FnCas12a or the engineered and PAM-flexible enAsCas12a. Furthermore, ReChb can be triggered not only by double-stranded DNA but also by single-stranded RNA and DNA targets, leading to non-specific collateral cleavage of all three nucleic acid substrates with similar efficiencies. Finally, tertiary and quaternary structures of ReChb obtained by cryogenic electron microscopy reveal the molecular details underlying its expanded biophysical activities. Overall, ReChb expands the application space of Cas12a nucleases and underscores the potential of ASR for enhancing CRISPR technologies.
リンクNat Biotechnol / PubMed:39482449
手法EM (単粒子)
解像度3.08 - 3.75 Å
構造データ

18691

8qwd

EMDB-18691, PDB-8qwd:
Apo ReChb
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

EMDB-18692: Apo ReChb , Rec1 improved
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

18693

8qwe

EMDB-18693, PDB-8qwe:
Ternary complex of ReChb - crRNA - target dsDNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

18694

8qwf

EMDB-18694: Quaternary complex of ReChb - crRNA - target dsDNA - collateral dsDNA
PDB-8qwf: ReChb - crRNA - target dsDNA complex in the presence of collateral dsDNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • synthetic construct (人工物)
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Cas / cryo-EM / ancestral sequence reconstruction / biotechnology / DNA / RNA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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