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タイトルStructural and functional analysis of the minimal orthomyxovirus-like polymerase of Tilapia Lake Virus from the highly diverged Amnoonviridae family.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 8145, Year 2023
掲載日2023年12月9日
著者Benoit Arragain / Martin Pelosse / Albert Thompson / Stephen Cusack /
PubMed 要旨Tilapia Lake Virus (TiLV), a recently discovered pathogen of tilapia fish, belongs to the Amnoonviridae family from the Articulavirales order. Its ten genome segments have characteristic conserved ...Tilapia Lake Virus (TiLV), a recently discovered pathogen of tilapia fish, belongs to the Amnoonviridae family from the Articulavirales order. Its ten genome segments have characteristic conserved ends and encode proteins with no known homologues, apart from the segment 1, which encodes an orthomyxo-like RNA-dependent-RNA polymerase core subunit. Here we show that segments 1-3 encode respectively the PB1, PB2 and PA-like subunits of an active heterotrimeric polymerase that maintains all domains found in the distantly related influenza polymerase, despite an unprecedented overall size reduction of 40%. Multiple high-resolution cryo-EM structures of TiLV polymerase in pre-initiation, initiation and active elongation states, show how it binds the vRNA and cRNA promoters and performs RNA synthesis, with both transcriptase and replicase configurations being characterised. However, the highly truncated endonuclease-like domain appears inactive and the putative cap-binding domain is autoinhibited, emphasising that many functional aspects of TiLV polymerase remain to be elucidated.
リンクNat Commun / PubMed:38066000 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 3.18 Å
構造データ

17857

8psn

EMDB-17857, PDB-8psn:
Tilapia Lake Virus polymerase in vRNA initiation state (transcriptase conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

17858

8pso

EMDB-17858, PDB-8pso:
Tilapia Lake Virus polymerase in vRNA initiation state (core only)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

17860

8psq

EMDB-17860, PDB-8psq:
Tilapia Lake Virus polymerase in cRNA pre-initiation state mode A (core only)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.65 Å

17861

8pss

EMDB-17861, PDB-8pss:
Tilapia Lake Virus polymerase in cRNA pre-initiation state mode B (core-endo only)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

17862

8psu

EMDB-17862, PDB-8psu:
Tilapia Lake Virus polymerase in vRNA pre-initiation state mode A (core only)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

17864

8psx

EMDB-17864, PDB-8psx:
Tilapia Lake Virus polymerase in vRNA elongation state (transcriptase conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

17865

8psz

EMDB-17865, PDB-8psz:
Tilapia Lake Virus polymerase in vRNA elongation state with additional mode B promoter (transcriptase conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.42 Å

17866

8pt2

EMDB-17866, PDB-8pt2:
Tilapia Lake Virus polymerase in vRNA pre-initiation state mode B (transcriptase conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.59 Å

17868

8pt6

EMDB-17868, PDB-8pt6:
Tilapia Lake Virus polymerase in vRNA initiation state (replicase conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

17869

8pt7

EMDB-17869, PDB-8pt7:
Tilapia Lake Virus polymerase in cRNA pre-initiation state mode A (core-endo only)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

17871

8pth

EMDB-17871, PDB-8pth:
Tilapia Lake Virus polymerase in vRNA pre-initiation state mode B (open core | partial replicase conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

17872

8ptj

EMDB-17872, PDB-8ptj:
Tilapia Lake Virus polymerase in vRNA pre-initiation state mode B (close core | partial replicase conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

18772

8qz8

EMDB-18772, PDB-8qz8:
Tilapia Lake Virus polymerase in vRNA pre-termination state (transcriptase conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-A0I:
[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-~{N}-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]phosphonamidic acid

ChemComp-G2P:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP / GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

由来
  • tilapia lake virus (ウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral polymerase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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