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タイトルStructures of the Staphylococcus aureus ribosome inhibited by fusidic acid and fusidic acid cyclopentane.
ジャーナル・号・ページSci Rep, Vol. 14, Issue 1, Page 14253, Year 2024
掲載日2024年6月20日
著者Adrián González-López / Daniel S D Larsson / Ravi Kiran Koripella / Brett N Cain / Martin Garcia Chavez / Paul J Hergenrother / Suparna Sanyal / Maria Selmer /
PubMed 要旨The antibiotic fusidic acid (FA) is used to treat Staphylococcus aureus infections. It inhibits protein synthesis by binding to elongation factor G (EF-G) and preventing its release from the ribosome ...The antibiotic fusidic acid (FA) is used to treat Staphylococcus aureus infections. It inhibits protein synthesis by binding to elongation factor G (EF-G) and preventing its release from the ribosome after translocation. While FA, due to permeability issues, is only effective against gram-positive bacteria, the available structures of FA-inhibited complexes are from gram-negative model organisms. To fill this knowledge gap, we solved cryo-EM structures of the S. aureus ribosome in complex with mRNA, tRNA, EF-G and FA to 2.5 Å resolution and the corresponding complex structures with the recently developed FA derivative FA-cyclopentane (FA-CP) to 2.0 Å resolution. With both FA variants, the majority of the ribosomal particles are observed in chimeric state and only a minor population in post-translocational state. As expected, FA binds in a pocket between domains I, II and III of EF-G and the sarcin-ricin loop of 23S rRNA. FA-CP binds in an identical position, but its cyclopentane moiety provides additional contacts to EF-G and 23S rRNA, suggesting that its improved resistance profile towards mutations in EF-G is due to higher-affinity binding. These high-resolution structures reveal new details about the S. aureus ribosome, including confirmation of many rRNA modifications, and provide an optimal starting point for future structure-based drug discovery on an important clinical drug target.
リンクSci Rep / PubMed:38902339 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.02 - 2.49 Å
構造データ

17363

8p2f

EMDB-17363, PDB-8p2f:
Staphylococcus aureus 70S ribosome with elongation factor G locked with fusidic acid cyclopentane in post-translocational state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.44 Å

17364

8p2g

EMDB-17364: Staphylococcus aureus 70S ribosome with elongation factor G locked with fusidic acid cyclopentane with a tRNA in pe/E chimeric hybrid state
PDB-8p2g: Staphylococcus aureus 70S ribosome with elongation factor G locked with fusidic acid cyclopentane with a tRNA in pe/E chimeric state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.02 Å

17365

8p2h

EMDB-17365, PDB-8p2h:
Staphylococcus aureus 70S ribosome with elongation factor G locked with fusidic acid with a tRNA in pe/E chimeric state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.49 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

ChemComp-PUT:
1,4-DIAMINOBUTANE / プトレシン

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM


化合物 画像なし

ChemComp-WUX:
Unknown entry

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-FUA:
FUSIDIC ACID / フシジン酸 / 抗生剤, Antimicrobial*YM

由来
  • staphylococcus aureus subsp. aureus nctc 8325 (黄色ブドウ球菌)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードRIBOSOME / fusidic acid / EF-G / antibiotic

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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