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タイトルFrom structural polymorphism to structural metamorphosis of the coat protein of flexuous filamentous potato virus Y.
ジャーナル・号・ページCommun Chem, Vol. 7, Issue 1, Page 14, Year 2024
掲載日2024年1月17日
著者Luka Kavčič / Andreja Kežar / Neža Koritnik / Magda Tušek Žnidarič / Tajda Klobučar / Žiga Vičič / Franci Merzel / Ellie Holden / Justin L P Benesch / Marjetka Podobnik /
PubMed 要旨The structural diversity and tunability of the capsid proteins (CPs) of various icosahedral and rod-shaped viruses have been well studied and exploited in the development of smart hybrid ...The structural diversity and tunability of the capsid proteins (CPs) of various icosahedral and rod-shaped viruses have been well studied and exploited in the development of smart hybrid nanoparticles. However, the potential of CPs of the wide-spread flexuous filamentous plant viruses remains to be explored. Here, we show that we can control the shape, size, RNA encapsidation ability, symmetry, stability and surface functionalization of nanoparticles through structure-based design of CP from potato virus Y (PVY). We provide high-resolution insight into CP-based self-assemblies, ranging from large polymorphic or monomorphic filaments to smaller annular, cubic or spherical particles. Furthermore, we show that we can prevent CP self-assembly in bacteria by fusion with a cleavable protein, enabling controlled nanoparticle formation in vitro. Understanding the remarkable structural diversity of PVY CP not only provides possibilities for the production of biodegradable nanoparticles, but may also advance future studies of CP's polymorphism in a biological context.
リンクCommun Chem / PubMed:38233506 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子)
解像度2.41 - 12.75 Å
構造データ

EMDB-17046, PDB-8opa:
Virus-like Particle based on PVY coat protein with stacked-ring architecture
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.34 Å

EMDB-17047, PDB-8opb:
Virus-like Particle based on PVY coat protein with RNA-free helical architecture
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.58 Å

EMDB-17048, PDB-8opc:
Virus-like Particle based on PVY coat protein with helical architecture encapsidating ssRNA
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.99 Å

EMDB-17049, PDB-8opd:
Virus-like Particle based on PVY coat protein with dC40 deletion with stacked-ring architecture
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-17050, PDB-8ope:
Virus-like Particle based on PVY coat protein with dC40 deletion with helical architecture encapsidating ssRNA
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.09 Å

EMDB-17051, PDB-8opf:
Virus-like Particle based on PVY coat protein with dC60 deletion with RNA-free helical architecture
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.83 Å

EMDB-17052, PDB-8opg:
Virus-like Particle based on PVY coat protein with dC79 deletion with RNA-free helical architecture
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-17053, PDB-8oph:
Head-to-tail double ring assembly from truncated PVY coat protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

EMDB-17054: RNA-free helical assembly from truncated PVY coat protein
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.59 Å

EMDB-17055: Stacked-ring assembly from truncated PVY coat protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.62 Å

EMDB-17056: Stacked-ring assembly from truncated PVY coat protein with L99C mutation
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.45 Å

EMDB-17057: Helical assembly from truncated PVY coat protein with L99C mutation
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.06 Å

EMDB-17058: Helical assembly from truncated PVY coat protein with K153E mutation
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.41 Å

EMDB-17059: Cross-shaped junction assembly from truncated PVY coat protein with E150C mutation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-17060: Global refinement map of head-to-head double ring assembly from truncated PVY coat protein with K176E mutation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.56 Å

EMDB-17061: Local refinement map of head-to-head double ring assembly from truncated PVY coat protein with K176E mutation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.82 Å

EMDB-17062, PDB-8opj:
Global refinement of cubic assembly from truncated PVY coat protein with K176C mutation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

EMDB-17063, PDB-8opk:
Local refinement of cubic assembly from truncated PVY coat protein with K176C mutation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

EMDB-17064: Spherical assembly from truncated PVY coat protein with K177E mutation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.75 Å

EMDB-17065: Cubic assembly from truncated PVY coat protein with K176C mutation and removed His tag
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.16 Å

EMDB-17066: Virus-like Particle based on PVY coat protein with L99C and K176C mutation with stacked-ring architecture
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.18 Å

EMDB-17067: Virus-like Particle based on PVY coat protein with L99C and K176C mutation with RNA-free helical architecture
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-17068: Virus-like Particle based on PVY coat protein with E150C and G193C mutation with stacked-ring architecture
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.75 Å

EMDB-17069: Virus-like Particle based on PVY coat protein with E150C and G193C mutation with RNA-free helical architecture
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.15 Å

EMDB-17070: Virus-like Particle based on PVY coat protein with S39C and E72C mutation with stacked-ring architecture
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.83 Å

EMDB-17071: Virus-like Particle based on PVY coat protein with S39C and E72C mutation with RNA-free helical architecture
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.69 Å

EMDB-17072, PDB-8opl:
Virus-like Particle based on PVY coat protein with T43C and D136C mutation with helical architecture encapsidating ssRNA
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.41 Å

EMDB-17073: Virus-like Particle based on PVY coat protein with D136C mutation with helical architecture encapsidating ssRNA
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.46 Å

EMDB-17074: Virus-like Particle based on PVY coat protein with R46A mutation with helical architecture encapsidating ssRNA
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.62 Å

EMDB-17075: Virus-like Particle based on PVY coat protein with E139A mutation with helical architecture encapsidating ssRNA
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.17 Å

由来
  • potato virus y strain ntn (ウイルス)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / stacked-ring / VLP / Potyvirus / PVY / helical / RNA-free / ssRNA / dC40 / dC60 / dC79 / H2T double ring / trCP / cubes / K176C

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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