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タイトルStructural analysis of the dual agonism at GLP-1R and GCGR.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 120, Issue 33, Page e2303696120, Year 2023
掲載日2023年8月15日
著者Yang Li / Qingtong Zhou / Antao Dai / Fenghui Zhao / Rulue Chang / Tianlei Ying / Beili Wu / Dehua Yang / Ming-Wei Wang / Zhaotong Cong /
PubMed 要旨Glucagon-like peptide-1 receptor (GLP-1R) and glucagon receptor (GCGR), two members of class B1 G protein-coupled receptors, play important roles in glucose homeostasis and energy metabolism. They ...Glucagon-like peptide-1 receptor (GLP-1R) and glucagon receptor (GCGR), two members of class B1 G protein-coupled receptors, play important roles in glucose homeostasis and energy metabolism. They share a high degree of sequence homology but have different functionalities. Unimolecular dual agonists of both receptors developed recently displayed better clinical efficacies than that of monotherapy. To study the underlying molecular mechanisms, we determined high-resolution cryo-electron microscopy structures of GLP-1R or GCGR in complex with heterotrimeric G protein and three GLP-1R/GCGR dual agonists including peptide 15, MEDI0382 (cotadutide) and SAR425899 with variable activating profiles at GLP-1R versus GCGR. Compared with related structures reported previously and supported by our published pharmacological data, key residues responsible for ligand recognition and dual agonism were identified. Analyses of peptide conformational features revealed a difference in side chain orientations within the first three residues, indicating that distinct engagements in the deep binding pocket are required to achieve receptor selectivity. The middle region recognizes extracellular loop 1 (ECL1), ECL2, and the top of transmembrane helix 1 (TM1) resulting in specific conformational changes of both ligand and receptor, especially the dual agonists reshaped ECL1 conformation of GLP-1R relative to that of GCGR, suggesting an important role of ECL1 interaction in executing dual agonism. Structural investigation of lipid modification showed a better interaction between lipid moiety of MEDI0382 and TM1-TM2 cleft, in line with its increased potency at GCGR than SAR425899. Together, the results provide insightful information for the design and development of improved therapeutics targeting these two receptors simultaneously.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:37549266 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.46 - 3.4 Å
構造データ

EMDB-36323, PDB-8jip:
Cryo-EM structure of the GLP-1R/GCGR dual agonist MEDI0382-bound human GLP-1R-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-36324, PDB-8jiq:
Cryo-EM structure of the GLP-1R/GCGR dual agonist Peptide 15-bound human GCGR-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-36325, PDB-8jir:
Cryo-EM structure of the GLP-1R/GCGR dual agonist SAR425899-bound human GLP-1R-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.57 Å

EMDB-36326, PDB-8jis:
Cryo-EM structure of the GLP-1R/GCGR dual agonist peptide15-bound human GLP-1R-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.46 Å

EMDB-36327, PDB-8jit:
Cryo-EM structure of the GLP-1R/GCGR dual agonist MEDI0382-bound human GCGR-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

EMDB-36328, PDB-8jiu:
Cryo-EM structure of the GLP-1R/GCGR dual agonist SAR425899-bound human GCGR-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

化合物

ChemComp-D6M:
N-hexadecanoyl-L-glutamic acid / N-ヘキサデカノイル-L-グルタミン酸

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • bos taurus (ウシ)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / G protein-coupled receptor / ligand recognition / receptor activation / unimolecular dual agonist

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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