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タイトルTwo antibodies show broad, synergistic neutralization against SARS-CoV-2 variants by inducing conformational change within the RBD.
ジャーナル・号・ページProtein Cell, Vol. 15, Issue 2, Page 121-134, Year 2024
掲載日2024年2月1日
著者Hui Sun / Tingting Deng / Yali Zhang / Yanling Lin / Yanan Jiang / Yichao Jiang / Yang Huang / Shuo Song / Lingyan Cui / Tingting Li / Hualong Xiong / Miaolin Lan / Liqin Liu / Yu Li / Qianjiao Fang / Kunyu Yu / Wenling Jiang / Lizhi Zhou / Yuqiong Que / Tianying Zhang / Quan Yuan / Tong Cheng / Zheng Zhang / Hai Yu / Jun Zhang / Wenxin Luo / Shaowei Li / Qingbing Zheng / Ying Gu / Ningshao Xia /
PubMed 要旨Continual evolution of the severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV-2) virus has allowed for its gradual evasion of neutralizing antibodies (nAbs) produced in response to natural ...Continual evolution of the severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV-2) virus has allowed for its gradual evasion of neutralizing antibodies (nAbs) produced in response to natural infection or vaccination. The rapid nature of these changes has incited a need for the development of superior broad nAbs (bnAbs) and/or the rational design of an antibody cocktail that can protect against the mutated virus strain. Here, we report two angiotensin-converting enzyme 2 competing nAbs-8H12 and 3E2-with synergistic neutralization but evaded by some Omicron subvariants. Cryo-electron microscopy reveals the two nAbs synergistic neutralizing virus through a rigorous pairing permitted by rearrangement of the 472-489 loop in the receptor-binding domain to avoid steric clashing. Bispecific antibodies based on these two nAbs tremendously extend the neutralizing breadth and restore neutralization against recent variants including currently dominant XBB.1.5. Together, these findings expand our understanding of the potential strategies for the neutralization of SARS-CoV-2 variants toward the design of broad-acting antibody therapeutics and vaccines.
リンクProtein Cell / PubMed:37470320 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.47 - 7.57 Å
構造データ

EMDB-35730: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with 8H12
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.79 Å

EMDB-35731: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with 3E2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.57 Å

EMDB-35736: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with double nAbs 8H12 and 1C4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-35739: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with double nAbs 3E2 and 1C4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

35740

8iv4

EMDB-35740, PDB-8iv4:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with double nAbs 8H12 and 3E2 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.59 Å

35741

8iv5

EMDB-35741, PDB-8iv5:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with double nAbs 8H12 and 1C4 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.77 Å

EMDB-35743: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with double nAbs 8H12 and 3E2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.58 Å

EMDB-35745: cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein in complex with double nAbs 8H12 and 3E2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.93 Å

35746

8iv8

EMDB-35746, PDB-8iv8:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with double nAbs 3E2 and 1C4 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.92 Å

EMDB-35747: cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike protein in complex with double nAbs 8H12 and 3E2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.79 Å

EMDB-35749: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with double nAbs XMA01 and 3E2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

EMDB-35750: cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with double nAbs S2E12 and 3E2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.79 Å

EMDB-35751: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with double nAbs S2E12 and 3E2 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.79 Å

EMDB-35752: cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with double nAbs 8H12 and S2X35
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

EMDB-35753: cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with double nAbs 8H12 and VacW-209
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-35754: cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with double nAbs 8H12 and S2X35 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.05 Å

35755

8iva

EMDB-35755, PDB-8iva:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with double nAbs XMA01 and 3E2 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.95 Å

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / Neutralizing antibody / Cryo-EM / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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