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タイトルDisulfide stabilization reveals conserved dynamic features between SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2 spikes.
ジャーナル・号・ページLife Sci Alliance, Vol. 6, Issue 9, Year 2023
掲載日2023年7月4日
著者Xixi Zhang / Zimu Li / Yanjun Zhang / Yutong Liu / Jingjing Wang / Banghui Liu / Qiuluan Chen / Qian Wang / Lutang Fu / Peiyi Wang / Xiaolin Zhong / Liang Jin / Qihong Yan / Ling Chen / Jun He / Jincun Zhao / Xiaoli Xiong /
PubMed 要旨SARS-CoV-2 spike protein (S) is structurally dynamic and has been observed by cryo-EM to adopt a variety of prefusion conformations that can be categorized as locked, closed, and open. S-trimers ...SARS-CoV-2 spike protein (S) is structurally dynamic and has been observed by cryo-EM to adopt a variety of prefusion conformations that can be categorized as locked, closed, and open. S-trimers adopting locked conformations are tightly packed featuring structural elements incompatible with RBD in the "up" position. For SARS-CoV-2 S, it has been shown that the locked conformations are transient under neutral pH. Probably because of their transience, locked conformations remain largely uncharacterized for SARS-CoV-1 S. In this study, we introduced x1, x2, and x3 disulfides into SARS-CoV-1 S. Some of these disulfides have been shown to preserve rare locked conformations when introduced to SARS-CoV-2 S. Introduction of these disulfides allowed us to image a variety of locked and other rare conformations for SARS-CoV-1 S by cryo-EM. We identified bound cofactors and structural features that are associated with SARS-CoV-1 S locked conformations. We compare newly determined structures with other available spike structures of SARS-related CoVs to identify conserved features and discuss their possible functions.
リンクLife Sci Alliance / PubMed:37402591 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.57 - 4.05 Å
構造データ

EMDB-34417, PDB-8h0x:
Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Locked-1 Conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.57 Å

EMDB-34418, PDB-8h0y:
Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Locked-112 Conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-34419, PDB-8h0z:
Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Locked-122 Conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

EMDB-34420, PDB-8h10:
Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Locked-2 Conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

EMDB-34421, PDB-8h11:
Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Closed Conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.72 Å

EMDB-34422, PDB-8h12:
Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x2 Disulfide (G400C and V969C), Locked-2 Conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44681 Å

EMDB-34423, PDB-8h13:
Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x2 Disulfide (G400C and V969C), Closed Conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.05 Å

EMDB-34424, PDB-8h14:
Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x3 Disulfide (D414C and V969C), Locked-1 Conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

EMDB-34425, PDB-8h15:
Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein (S/native) at pH 5.5, Closed Conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14182 Å

EMDB-34426, PDB-8h16:
Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein (S/native) at pH 5.5, Open Conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35534 Å

化合物

ChemComp-EIC:
LINOLEIC ACID / リノ-ル酸

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / PROTEIN ENGINEERING / SPIKE PROTEIN / SARS-COV-1 / SARS-COV

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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