[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルA mechanistic model of primer synthesis from catalytic structures of DNA polymerase α-primase.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 31, Issue 5, Page 777-790, Year 2024
掲載日2024年3月15日
著者Elwood A Mullins / Lauren E Salay / Clarissa L Durie / Noah P Bradley / Jane E Jackman / Melanie D Ohi / Walter J Chazin / Brandt F Eichman /
PubMed 要旨The mechanism by which polymerase α-primase (polα-primase) synthesizes chimeric RNA-DNA primers of defined length and composition, necessary for replication fidelity and genome stability, is ...The mechanism by which polymerase α-primase (polα-primase) synthesizes chimeric RNA-DNA primers of defined length and composition, necessary for replication fidelity and genome stability, is unknown. Here, we report cryo-EM structures of Xenopus laevis polα-primase in complex with primed templates representing various stages of DNA synthesis. Our data show how interaction of the primase regulatory subunit with the primer 5' end facilitates handoff of the primer to polα and increases polα processivity, thereby regulating both RNA and DNA composition. The structures detail how flexibility within the heterotetramer enables synthesis across two active sites and provide evidence that termination of DNA synthesis is facilitated by reduction of polα and primase affinities for the varied conformations along the chimeric primer-template duplex. Together, these findings elucidate a critical catalytic step in replication initiation and provide a comprehensive model for primer synthesis by polα-primase.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:38491139 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 14.06 Å
構造データ

29862

8g99

EMDB-29862, PDB-8g99:
Partial auto-inhibitory complex of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

29864

8g9f

EMDB-29864, PDB-8g9f:
Complete auto-inhibitory complex of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

29871

8g9l

EMDB-29871, PDB-8g9l:
DNA initiation subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

29872

8g9n

EMDB-29872, PDB-8g9n:
Partial DNA elongation subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

29873

8g9o

EMDB-29873, PDB-8g9o:
Complete DNA elongation subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

29888

8v5m

EMDB-29888, PDB-8v5m:
Tetramer core subcomplex (conformation 1) of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

29889

8v5n

EMDB-29889, PDB-8v5n:
Tetramer core subcomplex (conformation 2) of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

29891

8v5o

EMDB-29891, PDB-8v5o:
Tetramer core subcomplex (conformation 3) of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

42140

8ucu

EMDB-42140, PDB-8ucu:
Partial DNA termination subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

42141

8ucv

EMDB-42141, PDB-8ucv:
Complete DNA termination subcomplex 1 of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.81 Å

42142

8ucw

EMDB-42142, PDB-8ucw:
Complete DNA termination subcomplex 2 of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.64 Å

42990

8v6g

EMDB-42990, PDB-8v6g:
DNA initiation complex (configuration 1) of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.16 Å

42991

8v6h

EMDB-42991, PDB-8v6h:
DNA initiation complex (configuration 2) of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.11 Å

42992

8v6i

EMDB-42992, PDB-8v6i:
DNA elongation complex (configuration 1) of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.06 Å

42993

8v6j

EMDB-42993, PDB-8v6j:
DNA elongation complex (configuration 2) of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.11 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-DGT:
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP / デオキシグアノシン三リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードREPLICATION (DNA複製) / TRANSFERASE (転移酵素) / Primase (DNAプライマーゼ) / DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / chimeric RNA-DNA primer / RNA/DNA hybrid / DNA replication (DNA複製) / DNA synthesis (DNA合成) / TRANSFERASE/DNA/RNA / TRANSFERASE-DNA-RNA complex

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る