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タイトルStructural basis for HflXr-mediated antibiotic resistance in Listeria monocytogenes.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 50, Issue 19, Page 11285-11300, Year 2022
掲載日2022年10月27日
著者Timm O Koller / Kathryn J Turnbull / Karolis Vaitkevicius / Caillan Crowe-McAuliffe / Mohammad Roghanian / Ondřej Bulvas / Jose A Nakamoto / Tatsuaki Kurata / Christina Julius / Gemma C Atkinson / Jörgen Johansson / Vasili Hauryliuk / Daniel N Wilson /
PubMed 要旨HflX is a ubiquitous bacterial GTPase that splits and recycles stressed ribosomes. In addition to HflX, Listeria monocytogenes contains a second HflX homolog, HflXr. Unlike HflX, HflXr confers ...HflX is a ubiquitous bacterial GTPase that splits and recycles stressed ribosomes. In addition to HflX, Listeria monocytogenes contains a second HflX homolog, HflXr. Unlike HflX, HflXr confers resistance to macrolide and lincosamide antibiotics by an experimentally unexplored mechanism. Here, we have determined cryo-EM structures of L. monocytogenes HflXr-50S and HflX-50S complexes as well as L. monocytogenes 70S ribosomes in the presence and absence of the lincosamide lincomycin. While the overall geometry of HflXr on the 50S subunit is similar to that of HflX, a loop within the N-terminal domain of HflXr, which is two amino acids longer than in HflX, reaches deeper into the peptidyltransferase center. Moreover, unlike HflX, the binding of HflXr induces conformational changes within adjacent rRNA nucleotides that would be incompatible with drug binding. These findings suggest that HflXr confers resistance using an allosteric ribosome protection mechanism, rather than by simply splitting and recycling antibiotic-stalled ribosomes.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:36300626 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.1 - 3.1 Å
構造データ

15161

8a57

EMDB-15161, PDB-8a57:
Cryo-EM structure of HflXr bound to the Listeria monocytogenes 50S ribosomal subunit.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

15175

8a5i

EMDB-15175, PDB-8a5i:
Cryo-EM structure of Lincomycin bound to the Listeria monocytogenes 50S ribosomal subunit.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

15204

8a63

EMDB-15204, PDB-8a63:
Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes 50S ribosomal subunit.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-15670: Cryo-EM volume of HflX bound to the Listeria monocytogenes 50S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

EMDB-15864: Cryo-EM map of lincomycin bound to the Listeria monocytogenes 50S ribosomal subunit.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-PUT:
1,4-DIAMINOBUTANE / プトレシン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-3QB:
LINCOMYCIN / リンコマイシン / 抗生剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • Listeria monocytogenes E (バクテリア)
  • listeria monocytogenes egd-e (バクテリア)
キーワードRIBOSOME / Listeria monocytogenes / HflXr / 50S / antibiotic resistance / Lincomycin / antibiotic

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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